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- PDB-5f7w: Blood group antigen binding adhesin BabA of Helicobacter pylori s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f7w
タイトルBlood group antigen binding adhesin BabA of Helicobacter pylori strain 17875 in complex with blood group B Lewis b heptasaccharide
要素
  • Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
  • Nanobody Nb-ER19
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / Lectin / Nanobody / Complex
機能・相同性SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Romao, E. / Oscarson, S. / Muyldermans, S. / Boren, T. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, スウェーデン, 5件
組織認可番号国
Flanders Institute of Biotechnology (VIB)PRJ9 ベルギー
Flanders Science Foundation (FWO)Odysseus program ベルギー
Hercules FoundationUABR/09/005 ベルギー
Vetenskapsradet/VR スウェーデン
Cancerfonden スウェーデン
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Polymorphic ABO Glycan Binding by Helicobacter pylori.
著者: Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Bugaytsova, J. / Romao, E. / Mendez, M. / Norden, J. / Fallah, M. / Rakhimova, L. / Shevtsova, A. / Lahmann, M. / Castaldo, G. / Brannstrom, K. / ...著者: Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Bugaytsova, J. / Romao, E. / Mendez, M. / Norden, J. / Fallah, M. / Rakhimova, L. / Shevtsova, A. / Lahmann, M. / Castaldo, G. / Brannstrom, K. / Coppens, F. / Lo, A.W. / Ny, T. / Solnick, J.V. / Vandenbussche, G. / Oscarson, S. / Hammarstrom, L. / Arnqvist, A. / Berg, D.E. / Muyldermans, S. / Boren, T. / Remaut, H.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
B: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
C: Nanobody Nb-ER19
D: Nanobody Nb-ER19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5846
ポリマ－125,2604
非ポリマー2,3242
水86548
1
A: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
C: Nanobody Nb-ER19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7923
ポリマ－62,6302
非ポリマー1,1621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
2
B: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
D: Nanobody Nb-ER19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7923
ポリマ－62,6302
非ポリマー1,1621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.090, 132.440, 123.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA35 - 46233 - 460
21ASNASNBB35 - 46233 - 460
12VALVALCC3 - 1142 - 113
22VALVALDD3 - 1142 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen / Blood group antigen binding adhesin (BabA)


分子量: 49369.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: babA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O52269
#2: 抗体 Nanobody Nb-ER19


分子量: 13260.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1162.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-2-4-5-4/a4-b1_b3-c1_c3-d1_c4-g1_d2-e1_d3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium nitrate, 0.1M Bis Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→43.2 Å / Num. obs: 39799 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F7K

5f7k


解像度: 2.81→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 25.422 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20753 2026 5.1 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.17263 37751 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7970 0 158 48 8176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.028281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.96911276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94317644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47551058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5226.034348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.566151322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1821526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1464.3614253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1464.364252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8586.5455304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8576.5455305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9624.7414028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9614.7414029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1746.9425973
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.93434.7679093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.93434.7639091
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237530.07
12B237530.07
21C66280.06
22D66280.06
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.883 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 139 -
Rwork0.349 2761 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50031.6243-1.10085.1181-2.36661.93490.0286-0.05490.11860.07030.0490.2386-0.0737-0.024-0.07750.07640.0655-0.05770.2408-0.05820.06337.013-19.75318.121
21.4016-1.71221.31584.6659-2.40362.28790.1211-0.1303-0.1930.14720.13580.3590.3677-0.1525-0.25680.2836-0.0629-0.04890.2509-0.07890.14249.30327.22739.928
31.98790.35390.7986.9716-2.53254.9266-0.0669-0.0463-0.15550.51310.071-0.24720.00260.1789-0.00410.25660.0289-0.07010.1964-0.01290.036211.984-42.35245.156
42.3585-0.4554-0.7246.209-3.07845.8397-0.1751-0.0970.2122-0.1512-0.0115-0.4210.18780.21720.18650.0207-0.00220.0010.1088-0.05890.085518.90651.15115.258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 462
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 463
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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