PDB-5f6f: S. aureus MepR G34R Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f6f

タイトル

S. aureus MepR G34R Mutant

要素

MarR family regulatory protein

キーワード

transcription regulator / Winged helix-turn-helix / DNA binding protein / transcription regulation / multidrug resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Newman, C.E. / Birukou, I. / Brennan, R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: S. aureus MepR G34R Mutant
著者: Newman, C.E. / Birukou, I. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2015年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f6f.cif.gz	140.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f6f.ent.gz	112.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f6f_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f6f_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	5f6f_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	5f6f_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/5f6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/5f6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ffzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ffz-1 2dyb-2 2bl0-d 4f56-d 2ist-d 5t2t-1 1lss-d 3muv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MarR family regulatory protein

B: MarR family regulatory protein

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.949, 119.949, 55.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	MarR family regulatory protein / MarR family transcriptional regulator / MepA/mepB repressor and autoregulator / MepR 分子量: 18834.104 Da / 分子数: 2 / 変異: G34R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325-4 / 遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812, UniProt: Q2G141*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

MarR family regulatory protein / MarR family transcriptional regulator / MepA/mepB repressor and autoregulator / MepR

分子量: 18834.104 Da / 分子数: 2 / 変異: G34R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325-4 / 遺伝子: mepR / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812, UniProt: Q2G141*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% (w/v) Peg 1500, 100 mM MIB buffer (Imidazole, Boric Acid, Sodium Malonate Dibasic Monohydrate)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→29.99 Å / Num. obs: 29854 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.825 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FFZ

5ffz

解像度: 1.751→29.987 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1997	6.69 %
R_work	0.1872	-	-
obs	0.1899	29846	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.883 Å² / k_sol: 0.433 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3334 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.3334 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.6668 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→29.987 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2282	0	0	138	2420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.342	1001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7513-1.7951	0.3956	144	0.3282	2000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7951-1.8436	0.3631	146	0.2783	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.8979	0.2408	141	0.2274	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8979-1.9591	0.2595	142	0.2095	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9591-2.0291	0.2649	140	0.221	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0291-2.1103	0.2579	146	0.2124	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1103-2.2063	0.2046	144	0.2017	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2063-2.3226	0.241	146	0.1943	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3226-2.4681	0.219	145	0.2137	2002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4681-2.6585	0.2388	142	0.1976	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.9259	0.2665	147	0.1959	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9259-3.3488	0.2273	141	0.1854	2002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3488-4.2172	0.1779	141	0.1545	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2172-29.9916	0.2314	132	0.1843	1757	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4562	5.3166	-3.164	4.734	-4.1829	6.1048	0.1811	-0.5258	-1.0172	0.3111	-0.4636	-1.2973	0.2606	0.3615	0.3255	0.3043	-0.0455	-0.1415	0.363	0.0406	0.4837	34.0036	14.174	-21.8589
2	2.733	-1.246	-0.2959	9.0255	-3.9775	7.4228	0.3445	0.3486	-0.2065	-0.1414	-0.2746	-0.1876	-0.2005	0.3633	-0.0677	0.3814	-0.0545	0.0001	0.2277	-0.0424	0.3627	16.463	-5.1472	-23.3395
3	8.4803	1.5016	-2.1318	4.6757	3.615	7.4249	0.4186	0.5671	-0.1538	-0.3975	0.2398	-0.153	-0.2261	0.2072	-0.6253	0.4003	0.0071	0.0708	0.2316	-0.008	0.4328	16.0351	-13.7827	-28.8977
4	2.2534	2.9394	-0.1366	8.6571	-0.7305	0.1596	0.1974	-0.0722	-0.1303	0.7525	-0.1227	0.0409	0.0479	0.0858	-0.0409	0.3753	-0.005	0.0755	0.2817	-0.0297	0.1844	10.8914	-4.2742	-19.29
5	4.4183	-3.0799	-4.0061	7.301	-0.7214	9.4404	0.1918	0.6759	-0.1189	-0.1273	-0.1902	0.2632	-0.4895	-0.4561	0.0116	0.3102	-0.04	-0.0604	0.3976	-0.0391	0.3409	22.0768	22.6101	-30.8164
6	3.8264	1.0774	-3.9115	1.0426	0.2038	5.9127	-0.3172	0.3188	-1.2457	-0.2116	0.1151	-0.2038	0.395	0.1453	0.2917	0.2931	-0.0542	-0.0365	0.3468	-0.1112	0.4697	31.0973	12.3463	-33.7121
7	7.7875	0.2259	-1.0062	7.1753	-0.9894	8.3239	0.0361	0.1428	-0.1005	0.4239	0.2003	-0.1364	0.0141	-0.3374	-0.1966	0.1924	0.0448	-0.01	0.4026	0.0096	0.3446	56.3342	18.4399	-32.1716
8	6.8774	0.2243	1.3301	8.321	-1.1011	3.4332	0.5271	-0.3206	-0.2508	0.7302	0.1892	-0.1835	-0.0931	-0.3662	-0.7444	0.3116	0.057	0.0298	0.3755	0.0887	0.4446	63.3437	13.789	-26.5642
9	5.0891	-1.5122	-1.6207	0.4456	0.1561	-0.0717	0.1392	0.9716	0.1762	-0.0791	-0.1849	-0.0592	0.0744	0.0063	0.0756	0.3188	0.0406	-0.005	0.4295	0.0691	0.2604	58.0138	22.5778	-36.6706
10	7.5967	2.0065	-2.8452	9.929	-5.0291	9.4499	0.0912	0.1197	0.5249	0.7497	-0.2306	-0.1524	-0.8084	-0.1644	0.1481	0.322	-0.0204	-0.0583	0.3531	-0.0598	0.3467	29.6005	26.8197	-25.2098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 27:46)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 47:73)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 74:118)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 119:139)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq -1:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 27:46)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 47:73)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 74:118)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 119:139)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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