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- PDB-5f6b: Crystal structure of the Q108K:K40L:T51V:R58Y:Y19W mutant of huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6b
タイトルCrystal structure of the Q108K:K40L:T51V:R58Y:Y19W mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with All-trans-Retinal at 1.3 Angstrom Resolution
要素Retinol-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / all-trans retinal / retinal light absorbing pigment / wavelength regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RETINAL / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Nosrati, M. / Nossoni, Z. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Q108K:K40L:T51V:R58Y:Y19W mutant of human Cellular Retinol Binding ProteinII in complex with All-trans-Retinal at 1.31 Angstrom Resolution
著者: Nossoni, Z. / Nosrati, M. / Wang, W. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
履歴
登録2015年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9066
ポリマ－31,2192
非ポリマー6874
水6,251347
1
A: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9533
ポリマ－15,6101
非ポリマー3432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9533
ポリマ－15,6101
非ポリマー3432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.953, 35.721, 64.937
Angle α, β, γ (deg.)90.85, 88.45, 65.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15609.524 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K, K40L, T51V, R58Y, Y19W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P50120
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25 %PEG 4000, 0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH = 4.5.
PH範囲: 4-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→50 Å / Num. all: 184981 / Num. obs: 59171 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 38.98
反射 シェル解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EXZ

4exz


解像度: 1.31→28.76 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2843 5.08 %
Rwork0.2014 --
obs0.2031 55972 94.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.875 Å2 / ksol: 0.431 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4462 Å2-0.3679 Å2-0.035 Å2
2--0.7365 Å2-0.0906 Å2
3----1.1828 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 0 48 347 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1463087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.194840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3079-1.33040.37921110.32872492X-RAY DIFFRACTION87
1.3304-1.35460.3671070.31032618X-RAY DIFFRACTION92
1.3546-1.38070.33431470.2972614X-RAY DIFFRACTION93
1.3807-1.40890.34891530.28812588X-RAY DIFFRACTION94
1.4089-1.43950.27411500.25912678X-RAY DIFFRACTION94
1.4395-1.4730.26291610.25452591X-RAY DIFFRACTION94
1.473-1.50980.26851450.23732666X-RAY DIFFRACTION95
1.5098-1.55060.26211430.22872635X-RAY DIFFRACTION94
1.5506-1.59630.25571380.21852690X-RAY DIFFRACTION96
1.5963-1.64780.27211310.2112693X-RAY DIFFRACTION95
1.6478-1.70670.21921360.21192692X-RAY DIFFRACTION95
1.7067-1.7750.22571490.21552707X-RAY DIFFRACTION96
1.775-1.85580.23851440.20812717X-RAY DIFFRACTION97
1.8558-1.95360.22081340.19212675X-RAY DIFFRACTION97
1.9536-2.0760.19061650.19312717X-RAY DIFFRACTION97
2.076-2.23620.24541470.19542736X-RAY DIFFRACTION97
2.2362-2.46110.24721620.19512696X-RAY DIFFRACTION98
2.4611-2.8170.23881350.1952769X-RAY DIFFRACTION97
2.817-3.54810.19741640.17292728X-RAY DIFFRACTION98
3.5481-28.7670.24731210.19852427X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.5966 Å / Origin y: -1.9457 Å / Origin z: 15.4886 Å
111213212223313233
T0.158 Å2-0.0099 Å20.0004 Å2-0.1353 Å2-0.0011 Å2--0.1544 Å2
L0.0419 °2-0.0803 °2-0.0017 °2--0.1787 °2-0.1023 °2--1.1197 °2
S0.0031 Å °-0.012 Å °-0.0161 Å °0.0069 Å °-0.039 Å °-0.013 Å °-0.0382 Å °0.0071 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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