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- PDB-5f54: Structure of RecJ complexed with dTMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f54
タイトルStructure of RecJ complexed with dTMP
要素Single-stranded-DNA-specific exonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RecF pathway / DNA end resection / two-metal-ion catalysis / single-strand-DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RecJ C-terminal domain, Deinococci / Bacterial RecJ exonuclease / RecJ, OB domain / RecJ OB domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain ...: / RecJ C-terminal domain, Deinococci / Bacterial RecJ exonuclease / RecJ, OB domain / RecJ OB domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hua, Y. / Zhao, Y. / Cheng, K.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2015CB910600 中国
Zhejiang Provincial Natural Science Foundation for Outstanding Young ScientistsLR16C050002 中国
National Natural Science Foundation of China31500656 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for DNA 5 -end resection by RecJ
著者: Cheng, K. / Xu, H. / Chen, X. / Wang, L. / Tian, B. / Zhao, Y. / Hua, Y.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded-DNA-specific exonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4644
ポリマ－76,0321
非ポリマー4323
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.530, 106.530, 161.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded-DNA-specific exonuclease


分子量: 76031.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: recJ / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: D0EM60
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, MnCl2, Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.04
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 29475 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 27.02 / Num. measured all: 264098
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.7-2.770.9280.641419547215221410.67999.5
2.77-2.850.930.5284.9719730212421230.559100
2.85-2.930.9660.3586.9819173206220610.379100
2.93-3.020.980.2898.2218654200620060.306100
3.02-3.120.9880.21110.918095195019490.22399.9
3.12-3.230.9930.15414.3417612189318930.163100
3.23-3.350.9960.11318.3416771180918090.12100
3.35-3.490.9970.08822.8415984173217310.09499.9
3.49-3.640.9980.0728.6415347168816880.074100
3.64-3.820.9990.05533.1114757162716260.05999.9
3.82-4.030.9990.04440.2213824153415340.046100
4.03-4.270.9990.03845.312953145114510.04100
4.27-4.560.9990.03550.0312066137513750.038100
4.56-4.930.9990.03352.0811093129012890.03599.9
4.93-5.40.9990.03451.5310110119311920.03699.9
5.4-6.040.9990.03353.619007107710770.035100
6.04-6.970.9990.0356.8782379629610.03299.9
6.97-8.540.9990.02758.3265388348190.02998.2
8.54-12.080.9990.02753.9633896535180.02979.3
12.080.9990.0344.3212113952310.03358.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: 000)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSdata processing
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZXP

2zxp


解像度: 2.7→29.288 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1511 5.13 %
Rwork0.2061 --
obs0.2088 29475 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5262 0 23 12 5297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0857391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9271986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7014-2.78850.361490.35432518X-RAY DIFFRACTION94
2.7885-2.88810.3771610.3262513X-RAY DIFFRACTION94
2.8881-3.00360.30611150.31332517X-RAY DIFFRACTION96
3.0036-3.14010.3111210.29142554X-RAY DIFFRACTION95
3.1401-3.30540.32371340.26252540X-RAY DIFFRACTION95
3.3054-3.51210.27741450.24162535X-RAY DIFFRACTION95
3.5121-3.78270.29021370.21252557X-RAY DIFFRACTION95
3.7827-4.16220.22531330.18362561X-RAY DIFFRACTION95
4.1622-4.76180.21111320.16362588X-RAY DIFFRACTION95
4.7618-5.98940.21751570.17742597X-RAY DIFFRACTION94
5.9894-27.67010.23231200.16892463X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -57.9221 Å / Origin y: 12.4085 Å / Origin z: 3.4464 Å
111213212223313233
T0.4183 Å2-0.0728 Å2-0.0437 Å2-0.4245 Å20.0093 Å2--0.4691 Å2
L0.6395 °2-0.5179 °2-0.9469 °2-1.5111 °21.05 °2--2.5623 °2
S-0.0895 Å °0.1527 Å °0.0151 Å °-0.1395 Å °-0.028 Å °0.0947 Å °0.2036 Å °-0.1573 Å °0.1139 Å °
精密化 TLSグループSelection details: Chain A and ((residue 4 through 704) or (residue 803))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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