PDB-5f3q: Crystal structure of a noncanonical Dicer protein from Entamoeba ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3q

タイトル

Crystal structure of a noncanonical Dicer protein from Entamoeba histolytica

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNaseIII / Dicer / RNA processing / Entamoeba histolytica

機能・相同性

ribonuclease III activity / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / RNA processing / metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yu, X. / Gan, J.H. / Ma, J.B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional study of a noncanonical Dicer protein in Entamoeba histolytica
著者: Yu, X. / Gan, J.H. / Ma, J.B.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3q.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3q.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f3q_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f3q_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5f3q_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5f3q_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f3oC 5f3pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q5o-d 5f3o-d 5q2o-d 6bym-d 6zjh-d 5q5e-d 5q3k-d 7c6x-7 4im7-d 3bc3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.281, 91.015, 102.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Eh.RNaseIII 分子量: 22778.357 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-193 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_068740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LU64
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M Hepes pH 7.8 / PH範囲: 7.5-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 24145 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築
PHENIX	(1.10_2155)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.996 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	1230	5.09 %
R_work	0.2016	-	-
obs	0.2039	24145	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2981	0	10	74	3065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	4121
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.569	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1004-2.1845	0.2321	136	0.1968	2467	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1845-2.2839	0.2768	129	0.2059	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2839-2.4042	0.2798	120	0.2077	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4042-2.5548	0.2731	137	0.2095	2501	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5548-2.7519	0.2724	139	0.2154	2531	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7519-3.0286	0.2512	141	0.2205	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.4663	0.2649	144	0.2096	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4663-4.365	0.2179	148	0.1853	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
4.365-29.9987	0.232	136	0.1953	2636	X-RAY DIFFRACTION	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)