PDB-5f3p: Crystal structure of a noncanonical Dicer protein from Entamoeba ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3p

タイトル

Crystal structure of a noncanonical Dicer protein from Entamoeba histolytica

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNaseIII / non canonical Dicer / RNA procesing / Entamoeba histolytica

機能・相同性

ribonuclease III activity / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / RNA processing / metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Yu, X. / Gan, J.H. / Ma, J.B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional study of a noncanonical Dicer protein in Entamoeba histolytica
著者: Yu, X. / Gan, J.H. / Ma, J.B.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3p.cif.gz	89.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3p.ent.gz	68.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f3p_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f3p_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	5f3p_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	5f3p_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f3oC 5f3qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f3o-d 4v3b-d 4ndy-5 5gub-3 5f3q-d 3t5a-d 6dvs-d 6bym-d 7ada-1 5gx6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.092, 89.956, 100.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / EhRNaseIII 分子量: 22893.994 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-195 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_068740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LU64
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.01 M MgCl2, 0.05 M Tris-HCl pH 7.5 PH範囲: 7.4-7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 31630 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 26.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
HKL-2000		data processing
Coot	v0.8.3	モデル構築

精密化

解像度: 1.904→28.73 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	1592	5.05 %
R_work	0.2073	-	-
obs	0.209	31554	94.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→28.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3148	0	10	76	3234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	4357
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.481	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9036-1.965	0.5449	146	0.5358	2620	X-RAY DIFFRACTION	93
1.965-2.0352	0.2483	153	0.2412	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0352-2.1167	0.2188	152	0.1819	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1167-2.213	0.1929	149	0.1652	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.3296	0.3392	95	0.2299	1853	X-RAY DIFFRACTION	65
2.3296-2.4755	0.1871	147	0.1758	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4755-2.6665	0.2595	143	0.1831	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6665-2.9346	0.2386	148	0.1952	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9346-3.3587	0.2393	158	0.198	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3587-4.2294	0.1889	130	0.1844	2476	X-RAY DIFFRACTION	84
4.2294-28.7336	0.2258	171	0.1917	2921	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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