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- PDB-5f3m: Crystal structure of dihydroneopterin aldolase from Bacillus anth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f3m
タイトルCrystal structure of dihydroneopterin aldolase from Bacillus anthracis complexed with L-neopterin at 1.5 Angstroms resolution .
要素7,8-dihydroneopterin aldolase
キーワードISOMERASE / aldolase / L-neopterin / alpha beta protein fold / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / L-NEOPTERIN / NICKEL (II) ION / 7,8-dihydroneopterin aldolase / 7,8-dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dihydroneopterin aldolase from Bacillus anthracis complexed with L-neopterin at 1.5 Angstroms resolution .
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,73813
ポリマ－28,7222
非ポリマー1,01611
水4,270237
1
A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: 7,8-dihydroneopterin aldolase
B: 7,8-dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,95052
ポリマ－114,8888
非ポリマー4,06344
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area21510 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area38090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.974, 87.974, 104.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NI

21B-202-

NI

31B-370-

HOH

41B-381-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 7,8-dihydroneopterin aldolase


分子量: 14360.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
遺伝子: folB / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
参照: UniProt: Q81VW7, UniProt: A0A6L7HSV1*PLUS, dihydroneopterin aldolase

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非ポリマー , 6種, 248分子

#2: 化合物 ChemComp-NEU / L-NEOPTERIN / 2-AMINO-6-((1S,2R)-1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL)PTERIDIN-4(3H)-ONE / L-erythro-ネオプテリン


分子量: 253.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N5O4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.02M magnesium chloride, 0.02M Nickel chloride, 0.1M Hepes pH 7.0, 20% PEG 3350
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 66418 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 31.39
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2104: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SQL

1sql


解像度: 1.498→33.657 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1614 3318 5 %
Rwork0.1376 --
obs0.1388 66386 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→33.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 62 237 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9053056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.353886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4981-1.51950.27441430.22332557X-RAY DIFFRACTION99
1.5195-1.54220.24061070.19552615X-RAY DIFFRACTION100
1.5422-1.56630.20671120.16622607X-RAY DIFFRACTION100
1.5663-1.5920.18711540.13682579X-RAY DIFFRACTION100
1.592-1.61940.19321470.11212555X-RAY DIFFRACTION100
1.6194-1.64890.12261300.10622611X-RAY DIFFRACTION100
1.6489-1.68060.14551350.09892605X-RAY DIFFRACTION100
1.6806-1.71490.13121170.09772617X-RAY DIFFRACTION100
1.7149-1.75220.12611370.10372620X-RAY DIFFRACTION100
1.7522-1.79290.14891560.1022556X-RAY DIFFRACTION100
1.7929-1.83780.1371170.10292632X-RAY DIFFRACTION100
1.8378-1.88750.15591330.10472615X-RAY DIFFRACTION100
1.8875-1.9430.1451550.10412576X-RAY DIFFRACTION100
1.943-2.00570.13531430.11032623X-RAY DIFFRACTION100
2.0057-2.07740.16021330.11182610X-RAY DIFFRACTION100
2.0774-2.16050.15051440.11592621X-RAY DIFFRACTION100
2.1605-2.25880.17221410.12132625X-RAY DIFFRACTION100
2.2588-2.37790.15061400.13072640X-RAY DIFFRACTION100
2.3779-2.52680.15811570.13872622X-RAY DIFFRACTION100
2.5268-2.72190.16561530.14422631X-RAY DIFFRACTION100
2.7219-2.99560.16421260.15282682X-RAY DIFFRACTION100
2.9956-3.42870.16631390.16142691X-RAY DIFFRACTION100
3.4287-4.31840.16031440.14862718X-RAY DIFFRACTION100
4.3184-33.66530.17041550.16212860X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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