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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f2u | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Fully modified farnesylated INPP5E Peptide in complex with PDE6D | ||||||||||||
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![]() | LIPID BINDING PROTEIN / immunoglobulin-like / signaling protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / cilium / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / cilium / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fansa, E.K. / Isamil, S. / Wittinghofer, A. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: PDE6delta-mediated sorting of INPP5E into the cilium is determined by cargo-carrier affinity. 著者: Fansa, E.K. / Koesling, S.K. / Zent, E. / Wittinghofer, A. / Ismail, S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3t5gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17309.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 523.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→19.53 Å / Num. obs: 30251 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.39 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3T5G 解像度: 1.85→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.71 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.03 Å2 / Biso mean: 35.377 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→19.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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