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- PDB-5f1t: Crystal structure of a macrocyclic peptide containing fragments f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1t
タイトルCrystal structure of a macrocyclic peptide containing fragments from alpha-synuclein 36-55.
要素Macrocyclic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-Hairpins
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.971 Å
データ登録者Salveson, P.J. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of Oligomers Formed by a Toxic beta-Hairpin Derived from alpha-Synuclein: Trimers and Higher-Order Oligomers.
著者: Salveson, P.J. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22025年4月2日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrocyclic peptide
B: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,78812
ポリマ－10,3496
非ポリマー4396
水1,910106
1
A: Macrocyclic peptide
B: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

A: Macrocyclic peptide
B: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

A: Macrocyclic peptide
B: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,36336
ポリマ－31,04618
非ポリマー1,31618
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area19000 Å2
ΔGint-304 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.518, 77.518, 77.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

SO4

21B-102-

SO4

31B-206-

HOH

41C-218-

HOH

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質・ペプチド
Macrocyclic peptide


分子量: 1724.804 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 112分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES (pH 8.0), 0.5 M ammonium sulfate, 34% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月6日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.971→38.76 Å / Num. obs: 11211 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 12.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.971→38.759 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 2168 10.28 %
Rwork0.1828 --
obs0.1886 21093 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.971→38.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 24 106 808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.509988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.573301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9721-2.0180.29361490.24351250X-RAY DIFFRACTION89
2.018-2.06840.35541460.29561283X-RAY DIFFRACTION89
2.0684-2.12440.23261450.21811223X-RAY DIFFRACTION89
2.1244-2.18680.26971400.21471296X-RAY DIFFRACTION90
2.1868-2.25740.48641430.40331145X-RAY DIFFRACTION82
2.2574-2.3380.22291440.21421277X-RAY DIFFRACTION90
2.338-2.43160.24681560.18681267X-RAY DIFFRACTION89
2.4316-2.54220.21891460.20111261X-RAY DIFFRACTION90
2.5422-2.67610.22161420.18811279X-RAY DIFFRACTION90
2.6761-2.84360.19741440.17391262X-RAY DIFFRACTION90
2.8436-3.06290.20521370.15371290X-RAY DIFFRACTION90
3.0629-3.37060.17721440.12931272X-RAY DIFFRACTION90
3.3706-3.85720.1841360.14731271X-RAY DIFFRACTION90
3.8572-4.85530.14971360.12471266X-RAY DIFFRACTION90
4.8553-27.40930.22691480.19951263X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7917-2.56211.61183.9190.43042.8313-0.00350.19770.2688-0.2087-0.0124-0.311-0.4645-0.1307-0.0040.15830.02340.01550.15520.03290.126241.604638.995365.8939
27.5648-0.5755-2.72893.84012.87777.93960.3875-0.05280.43690.4871-0.15650.1003-0.2889-0.1148-0.15270.1594-0.00990.00850.2160.07760.306530.474636.024770.1365
35.3993.18993.83468.20045.55887.98960.04340.101-0.2843-0.0509-0.13970.31370.2688-0.23390.06240.1041-0.0020.00140.1478-0.01620.112644.872724.252759.2562
43.4184-4.10611.72968.86540.25117.41420.14350.7353-0.0037-0.03870.0539-0.61410.19970.6041-0.17720.2265-0.0224-0.06820.2234-0.02870.250549.183213.039962.6132
57.83014.5675-5.23834.3852-5.80668.08340.1088-0.30820.0475-0.1738-0.2715-0.23180.05090.75930.04070.268-0.08710.00070.2577-0.07720.263646.927515.190453.6692
67.5448-3.65683.48795.6778-2.34967.6873-0.03550.14110.61170.33830.1912-0.2371-0.59870.3576-0.16450.1856-0.09590.06710.2586-0.02610.286729.856930.905478.0309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 1:16 )C1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1:16 )A1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:16 )B1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:16 )D1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:16 )E1 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 1:16 )F1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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