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- PDB-5ezb: Chicken prestin STAS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezb
タイトルChicken prestin STAS domain
要素Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Eukaryotic SLC26 STAS fold
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate:chloride antiporter activity / oxalate:chloride antiporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain ...STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALATE ION / Prestin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lolli, G. / Pasqualetto, E. / Costanzi, E. / Bonetto, G. / Battistutta, R.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
European Community's Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under BioStruct-Xgrant agreement Number 283570
Fondazione Cassa di Risparmio di Padova e RovigoProgetto di Eccellenza イタリア
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: The STAS domain of mammalian SLC26A5 prestin harbours an anion-binding site.
著者: Lolli, G. / Pasqualetto, E. / Costanzi, E. / Bonetto, G. / Battistutta, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the cytosolic portion of the motor protein prestin and functional role of the STAS domain in SLC26/SulP anion transporters.
著者: Pasqualetto, E. / Aiello, R. / Gesiot, L. / Bonetto, G. / Bellanda, M. / Battistutta, R.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain
B: Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2987
ポリマ－31,9642
非ポリマー3345
水97354
1
A: Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1634
ポリマ－15,9821
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1353
ポリマ－15,9821
非ポリマー1532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.551, 56.919, 101.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 513 - 730 / Label seq-ID: 3 - 140

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chicken prestin STAS domain,Chicken prestin STAS domain


分子量: 15982.049 Da / 分子数: 2 / 断片: STAS domain,STAS domain
変異: Residues 570-651 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 569 and 652,Residues 570-651 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 569 and 652
由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 570-651 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 569 and 652
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SLC26A5, slc26A5 / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0FKN5

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非ポリマー , 5種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 M Ammonium Sulphate, 12% (v/v) glycerol, 0.3 M Ammonium oxalate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.59 Å / Num. obs: 19970 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLO

3llo


解像度: 2.3→46.585 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1016 5.12 %
Rwork0.2198 18834 -
obs0.2217 19850 95.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.58 Å2 / Biso mean: 55.1761 Å2 / Biso min: 28.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 23 54 2227
Biso mean--61.31 46.15 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2952983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.093789
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1566X-RAY DIFFRACTION7.048TORSIONAL
12B1566X-RAY DIFFRACTION7.048TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.41890.30341610.27392732X-RAY DIFFRACTION97
2.4189-2.57050.30281320.25282751X-RAY DIFFRACTION99
2.5705-2.76890.31191190.26992108X-RAY DIFFRACTION76
2.7689-3.04750.27241540.25642800X-RAY DIFFRACTION100
3.0475-3.48840.29771380.26012799X-RAY DIFFRACTION99
3.4884-4.39450.27991400.21792790X-RAY DIFFRACTION98
4.3945-46.59460.19211720.15942854X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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