PDB-5ez9: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I-H-I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ez9

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I-H-I

要素

CC-Hept-L22H

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer / de novo design

機能・相同性

HEXANE-1,6-DIOL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework.
著者: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ez9.cif.gz	93.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ez9.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ez9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ez9_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ez9_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	5ez9_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	5ez9_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ez8C 5ezaC 5ezcC 5ezeC 5f2yC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eik-d 5ezc-d 6g69-2 6g69-1 7baw-d 5eze-d 4h8m-1 6g66-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CC-Hept-L22H

B: CC-Hept-L22H

C: CC-Hept-L22H

D: CC-Hept-L22H

E: CC-Hept-L22H

F: CC-Hept-L22H

G: CC-Hept-L22H

ヘテロ分子

23.8 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.400, 63.030, 70.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-L22H 分子量: 3376.010 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M MgSO4, 0.1 M Tris at ph 8.5 with 3.4 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.15 Å / Num. obs: 23051 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pna

4pna

解像度: 1.8→43.15 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	1180	5.12 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.177	23031	95.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1616	0	8	152	1776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.317	631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8819	0.2423	119	0.2039	2719	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8819-1.9812	0.2573	146	0.1933	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9812-2.1053	0.2113	151	0.1834	2691	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1053-2.2678	0.1938	167	0.1485	2718	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2678-2.496	0.193	137	0.1589	2753	X-RAY DIFFRACTION	96
2.496-2.8571	0.2296	143	0.1693	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8571-3.5994	0.2095	166	0.1713	2760	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5994-43.1673	0.2237	151	0.1868	2795	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6431	-3.0128	-5.8459	2.4212	2.7162	6.9503	0.0185	0.3311	0.2824	-0.0526	-0.0323	-0.0537	-0.0274	-0.372	-0.0995	0.1039	0.0012	-0.0505	0.0775	0.0128	0.0877	49.2489	57.5025	71.7943
2	7.0031	1.9698	-4.6606	3.0677	-1.4623	4.0892	-0.0855	-0.1776	-0.046	-0.0104	0.0737	0.0509	0.0655	-0.013	0.0458	0.1264	0.0051	-0.0334	0.0569	0.014	0.0639	52.923	39.7035	80.3968
3	6.8348	-1.5036	-6.0957	2.7735	1.7402	7.0948	0.0626	-0.0561	0.224	0.0727	0.0523	0.0514	-0.0122	0.0328	-0.2056	0.0916	-0.0017	-0.0364	0.0476	-0.018	0.0912	53.3997	59.9452	79.5543
4	8.5712	1.0606	-6.3405	2.4041	-0.4429	6.5308	0.1372	-0.5102	0.4406	0.2722	-0.0142	0.1699	-0.0076	0.3161	-0.1669	0.158	0.0055	-0.0436	0.1083	-0.0401	0.1113	56.713	54.3597	86.2643
5	8.0858	1.6437	-6.7523	1.6871	-1.4935	6.7365	-0.0434	-0.5381	-0.1024	0.1154	-0.1015	-0.0555	0.0754	0.3686	0.1278	0.1498	0.0046	-0.045	0.0834	0.0113	0.0727	57.3349	45.6407	86.1632
6	5.3671	-0.2984	-3.8649	0.9217	0.8422	5.3316	-0.049	0.2868	-0.025	0.0278	-0.0442	0.0405	0.0687	-0.2282	0.0972	0.1083	-0.0097	-0.0412	0.078	0.0037	0.0637	46.7511	49.4729	69.322
7	8.1764	-0.6178	-5.5851	2.239	0.508	4.8122	-0.3265	0.0764	-0.4898	-0.0188	0.1217	0.1293	0.2689	-0.0831	0.1572	0.1365	-0.0197	-0.0271	0.0553	0.0099	0.0834	49.2106	41.4412	72.7133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 30 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 30 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 2 through 30 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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