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- PDB-5eyh: Crystal Structure of IMPase/NADP phosphatase complexed with NADP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyh
タイトルCrystal Structure of IMPase/NADP phosphatase complexed with NADP and Ca2+ at pH 7.0
要素Inositol monophosphatase
キーワードHYDROLASE / IMPase / FIG superfamily / substrate bound complex / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / nucleotide binding / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : / Inositol monophosphatase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and TechnologySR/SO/BB-065/2008 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural elucidation of the NADP(H) phosphatase activity of staphylococcal dual-specific IMPase/NADP(H) phosphatase
著者: Bhattacharyya, S. / Dutta, A. / Dutta, D. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年12月23日ID: 4G64
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase
B: Inositol monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,71311
ポリマ－60,8422
非ポリマー1,8719
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.505, 60.331, 79.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 263 / Label seq-ID: 4 - 263

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase / IMPase/NADP phosphatase / Myo-inositol-1(Or 4)-monophosphatase


分子量: 30421.021 Da / 分子数: 2 / 変異: I142F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6HL44, UniProt: Q2FVV7*PLUS, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M CACL2 2H2O, 0.1M HEPES PH 7.0, 15% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→75.905 Å / Num. all: 20372 / Num. obs: 20372 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 7.932 / Net I/σ(I): 19.9 / Num. measured all: 152334
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.637.40.4851.62175929440.1910.4854.499.8
2.63-2.797.40.3572.22079427950.140.3575.9100
2.79-2.997.50.25931964226310.1010.2598100
2.99-3.237.50.1744.51858724800.0680.17411.8100
3.23-3.537.50.1017.71696322510.0390.10119.4100
3.53-3.957.50.0711.11544220480.0270.0727.5100
3.95-4.567.50.04516.81382118310.0170.04538.6100
4.56-5.597.50.04118.21159115370.0160.04141100
5.59-7.97.50.04616.2907312130.0180.04638.2100
7.9-19.5797.30.0262546626420.010.02668.993.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→75.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.2103 / WRfactor Rwork: 0.1542 / FOM work R set: 0.8404 / SU B: 9.108 / SU ML: 0.204 / SU R Cruickshank DPI: 0.8033 / SU Rfree: 0.2956 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.803 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 1044 5.1 %RANDOM
Rwork0.1806 ---
obs0.1837 19318 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.72 Å2 / Biso mean: 38.789 Å2 / Biso min: 8.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å21.05 Å2
2---0.53 Å2-0 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→75.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4125 0 161 158 4444
Biso mean--48.17 32.2 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.9995984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06839537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6555523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.01725.816196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02615761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.746158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8543.7342083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.853.7342082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.385.5882600
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15697 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 77 -
Rwork0.233 1387 -
all-1464 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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