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- PDB-5exz: Crystal structure of purified recombinant CPV1 Polyhedra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exz
タイトルCrystal structure of purified recombinant CPV1 Polyhedra
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / in vivo crystal / polyhedrin
機能・相同性Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Boudes, M. / Garriga, D. / Coulibaly, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: A pipeline for structure determination of in vivo-grown crystals using in cellulo diffraction.
著者: Boudes, M. / Garriga, D. / Fryga, A. / Caradoc-Davies, T. / Coulibaly, F.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0098
ポリマ－28,3871
非ポリマー1,6227
水3,117173
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,11096
ポリマ－340,64812
非ポリマー19,46384
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area78730 Å2
ΔGint-612 kcal/mol
Surface area128260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.170, 103.170, 103.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-571-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyhedrin / C-polyhedrin


分子量: 28387.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11041

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非ポリマー , 6種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.69 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell
詳細: The crystals used to determine this structure were directly purified from cells, in vivo crystallization in the cytoplasm of the cell

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: beam collimated to 10 microns
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 13734 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 5.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.322 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 4.81 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 42463
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.9-1.973.41.912500.7090.3480.6881.04993.4
2.02-2.13.412510.7580.2910.5751.00194.60.49
2.1-2.23.312890.7930.260.5071.04795.20.432
2.2-2.313.312580.8120.2310.4520.9695.60.385
2.31-2.463.312870.840.2180.42195.90.356
2.46-2.653.212820.8720.1950.3761.00196.10.318
2.65-2.913.312860.9080.1570.3081.0495.80.263
2.91-3.333.412700.9440.1260.2461.21893.50.208
3.33-4.23.312580.9680.0840.1640.99492.90.139
4.2-303.413080.9820.0630.1250.99692.20.107

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Coot0.8.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER2.10.1精密化
BUSTER2.10.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OH5

2oh5


解像度: 1.9→27.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8957 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 1380 10.05 %RANDOM
Rwork0.1465 ---
obs0.152 13732 94.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 63.05 Å2 / Biso mean: 7.6 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 96 173 2272
Biso mean--14.67 11.96 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d955SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes307HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2157HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion262SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2778SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2157HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2950HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.81
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.05 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 297 10.79 %
Rwork0.1744 2456 -
all0.1811 2753 -
obs--94.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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