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- PDB-5exh: Crystal structure of mTET3-CXXC domain in complex with 5-carboxyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exh
タイトルCrystal structure of mTET3-CXXC domain in complex with 5-carboxylcytosine DNA at 1.3 Angstroms resolution.
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*(1CC)P*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
  • Methylcytosine dioxygenase TET3
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / mouse Tet3 / complex / 5-carboxylcytosine / reader / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of male pronucleus / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / protein O-linked glycosylation / male pronucleus / female pronucleus / methyl-CpG binding / chromosome ...epigenetic programing of male pronucleus / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / protein O-linked glycosylation / male pronucleus / female pronucleus / methyl-CpG binding / chromosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / : / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET3 / Methylcytosine dioxygenase TET3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Song, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Tet3 Reads 5-Carboxylcytosine through Its CXXC Domain and Is a Potential Guardian against Neurodegeneration.
著者: Jin, S.G. / Zhang, Z.M. / Dunwell, T.L. / Harter, M.R. / Wu, X. / Johnson, J. / Li, Z. / Liu, J. / Szabo, P.E. / Lu, Q. / Xu, G.L. / Song, J. / Pfeifer, G.P.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*(1CC)P*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*(1CC)P*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
C: Methylcytosine dioxygenase TET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0455
ポリマ－12,9143
非ポリマー1312
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.959, 27.230, 47.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*(1CC)P*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 3706.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド Methylcytosine dioxygenase TET3 / TET3 isoform 1 / Tet methylcytosine deoxygenase 3 isoform


分子量: 5501.648 Da / 分子数: 1 / Fragment: CXXC domain (UNP residues 51-96) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tet3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: L0HN04, UniProt: Q8BG87*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: L0HN04, UniProt: Q8BG87*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 50 mM, calcium chloride, 41% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 23079 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HP1

4hp1


解像度: 1.3→32.633 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 1180 5.12 %
Rwork0.168 --
obs0.169 23064 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数353 491 2 230 1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5231332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.325396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2956-1.35460.18991280.20472695X-RAY DIFFRACTION98
1.3546-1.4260.22421360.19182751X-RAY DIFFRACTION100
1.426-1.51540.18331460.17642695X-RAY DIFFRACTION100
1.5154-1.63230.19451480.16192728X-RAY DIFFRACTION100
1.6323-1.79660.17781430.1542751X-RAY DIFFRACTION100
1.7966-2.05650.17811700.16182714X-RAY DIFFRACTION100
2.0565-2.59090.19651550.17172761X-RAY DIFFRACTION100
2.5909-32.64350.1841540.16572789X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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