登録情報 | データベース: PDB / ID: 5exh |
---|
タイトル | Crystal structure of mTET3-CXXC domain in complex with 5-carboxylcytosine DNA at 1.3 Angstroms resolution. |
---|
要素 | - DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*(1CC)P*GP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
- Methylcytosine dioxygenase TET3
|
---|
キーワード | OXIDOREDUCTASE/DNA / mouse Tet3 / complex / 5-carboxylcytosine / reader / OXIDOREDUCTASE-DNA complex |
---|
機能・相同性 | 機能・相同性情報
: / epigenetic programing of male pronucleus / : / : / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / : / oxidative demethylation / protein O-linked glycosylation / methyl-CpG binding ...: / epigenetic programing of male pronucleus / : / : / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / : / oxidative demethylation / protein O-linked glycosylation / methyl-CpG binding / male pronucleus / female pronucleus / chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.類似検索 - ドメイン・相同性 DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET3 / Methylcytosine dioxygenase TET3類似検索 - 構成要素 |
---|
生物種 | ![](img/tx_mammal.gif) Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) |
---|
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å |
---|
データ登録者 | Song, J. |
---|
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016 タイトル: Tet3 Reads 5-Carboxylcytosine through Its CXXC Domain and Is a Potential Guardian against Neurodegeneration. 著者: Jin, S.G. / Zhang, Z.M. / Dunwell, T.L. / Harter, M.R. / Wu, X. / Johnson, J. / Li, Z. / Liu, J. / Szabo, P.E. / Lu, Q. / Xu, G.L. / Song, J. / Pfeifer, G.P. |
---|
履歴 | 登録 | 2015年11月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
---|
改定 1.0 | 2016年2月3日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
---|
改定 1.1 | 2016年2月10日 | Group: Database references |
---|
改定 1.2 | 2023年9月27日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation |
---|
|
---|