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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5exe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxalate oxidoreductase from Moorella thermoacetica bound with carboxy-TPP adduct | ||||||
![]() | (Oxalate oxidoreductase subunit ...) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / oxalate / OFOR / thiamine | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxalate oxidoreductase / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / oxalate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gibson, M.I. / Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: One-carbon chemistry of oxalate oxidoreductase captured by X-ray crystallography. 著者: Gibson, M.I. / Chen, P.Y. / Johnson, A.C. / Pierce, E. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 468.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Oxalate oxidoreductase subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 43737.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI41, oxalate oxidoreductase #2: タンパク質 | 分子量: 33960.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI40, oxalate oxidoreductase #3: タンパク質 | 分子量: 34277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI42, oxalate oxidoreductase |
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-非ポリマー , 5種, 2444分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/5SR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/5SR.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystals were grown in a Coy anaerobic chamber under an Ar/H2 gas mixture. OOR was mixed with the well solution containing PEG 3000 and Tacsimate (pH 7.0), in drops composed of 1 uL well ...詳細: Crystals were grown in a Coy anaerobic chamber under an Ar/H2 gas mixture. OOR was mixed with the well solution containing PEG 3000 and Tacsimate (pH 7.0), in drops composed of 1 uL well solution and 1 uL OOR (30 mg/ml) with the addition of 0.2 uL of 100 mM oxalic acid (pH 8.0) to the crystallization drop |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 200377 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 75 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5C4I 解像度: 1.88→48.704 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→48.704 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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