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- PDB-5exd: Crystal structure of oxalate oxidoreductase from Moorella thermoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exd
タイトルCrystal structure of oxalate oxidoreductase from Moorella thermoacetica bound with carboxy-di-oxido-methyl-TPP (COOM-TPP) intermediate
要素(Oxalate oxidoreductase subunit ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxalate / OFOR / thiamine
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate oxidoreductase / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / oxalate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, delta subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3 / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain ...: / : / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, delta subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3 / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Rossmann fold - #920 / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O2T / IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / Oxalate oxidoreductase subunit delta / Oxalate oxidoreductase subunit alpha / Oxalate oxidoreductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gibson, M.I. / Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: One-carbon chemistry of oxalate oxidoreductase captured by X-ray crystallography.
著者: Gibson, M.I. / Chen, P.Y. / Johnson, A.C. / Pierce, E. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Data collection
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
B: Oxalate oxidoreductase subunit delta
C: Oxalate oxidoreductase subunit beta
D: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
E: Oxalate oxidoreductase subunit delta
F: Oxalate oxidoreductase subunit beta
G: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
H: Oxalate oxidoreductase subunit delta
I: Oxalate oxidoreductase subunit beta
J: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
K: Oxalate oxidoreductase subunit delta
L: Oxalate oxidoreductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,01132
ポリマ－447,90412
非ポリマー6,10720
水30617
1
A: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
B: Oxalate oxidoreductase subunit delta
C: Oxalate oxidoreductase subunit beta
D: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
E: Oxalate oxidoreductase subunit delta
F: Oxalate oxidoreductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,05016
ポリマ－223,9526
非ポリマー3,09810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35850 Å2
ΔGint-340 kcal/mol
Surface area57910 Å2
手法PISA
2
G: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
H: Oxalate oxidoreductase subunit delta
I: Oxalate oxidoreductase subunit beta
J: Oxalate oxidoreductase subunit alpha
K: Oxalate oxidoreductase subunit delta
L: Oxalate oxidoreductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,96116
ポリマ－223,9526
非ポリマー3,00910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35560 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area58140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.430, 138.430, 217.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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Oxalate oxidoreductase subunit ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Oxalate oxidoreductase subunit alpha / OOR subunit alpha


分子量: 43737.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI41, oxalate oxidoreductase
#2: タンパク質
Oxalate oxidoreductase subunit delta / OOR delta subunit


分子量: 33960.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI40, oxalate oxidoreductase
#3: タンパク質
Oxalate oxidoreductase subunit beta / OOR subunit beta


分子量: 34277.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / 参照: UniProt: Q2RI42, oxalate oxidoreductase

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-O2T / [2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-[1,1,2-tris(oxidanyl)-2-oxidanylidene-ethyl]-1,3-thiazol-3-ium-5-yl]ethoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 514.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N4O11P2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were grown in a Coy anaerobic chamber under an Ar/H2 gas mixture. OOR was mixed with the well solution containing PEG 3000 and Tacsimate (pH 7.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.64
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 131808 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.183 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C4I

5c4i


解像度: 2.5→48.942 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 6653 5.05 %
Rwork0.1956 --
obs0.2066 131805 93.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30365 0 210 17 30592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7142736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.24111488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0294700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4959-2.53890.31342450.28114340X-RAY DIFFRACTION62
2.5389-2.58510.29092630.27244883X-RAY DIFFRACTION69
2.5851-2.63480.28772970.27385394X-RAY DIFFRACTION77
2.6348-2.68850.30043050.28435884X-RAY DIFFRACTION83
2.6885-2.74690.30613320.27166108X-RAY DIFFRACTION87
2.7469-2.81080.30063880.26816220X-RAY DIFFRACTION88
2.8108-2.8810.30683510.26346347X-RAY DIFFRACTION90
2.881-2.95890.26953290.25566494X-RAY DIFFRACTION92
2.9589-3.04590.27023220.25056591X-RAY DIFFRACTION94
3.0459-3.14410.2833480.2416650X-RAY DIFFRACTION93
3.1441-3.25630.28943530.23666640X-RAY DIFFRACTION94
3.2563-3.38660.27163330.23316637X-RAY DIFFRACTION95
3.3866-3.54050.24773670.21956611X-RAY DIFFRACTION94
3.5405-3.72680.23443290.19736675X-RAY DIFFRACTION94
3.7268-3.95990.21693180.17976601X-RAY DIFFRACTION93
3.9599-4.26490.19053180.16786615X-RAY DIFFRACTION94
4.2649-4.69280.18163170.15666654X-RAY DIFFRACTION94
4.6928-5.36870.1643320.15066621X-RAY DIFFRACTION94
5.3687-6.75230.16333270.16246605X-RAY DIFFRACTION93
6.7523-30.82760.18973660.15726600X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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