PDB-5ex2: Crystal structure of cyclophilin AquaCyp293 from Hirschia baltica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex2

タイトル

Crystal structure of cyclophilin AquaCyp293 from Hirschia baltica

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / cyclophilin / PPIase / Rotamase / folding helper / periplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hirschia baltica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.294 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel Family of Cyclophilins, the AquaCyps.
著者: Jakob, R.P. / Schmidpeter, P.A. / Koch, J.R. / Schmid, F.X. / Maier, T.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex2.cif.gz	341.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex2.ent.gz	279.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ex1C 2cplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dym-3 3zbt-d 3sn7-2 3p3e-d 3ps2-d 5z0l-d 1wx5-1 3pg5-1 5hx1-2 3g59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.940, 72.730, 73.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 30589.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirschia baltica (バクテリア) / 株: ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418 / 遺伝子: Hbal_1421 / プラスミド: pNIC28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XJ17, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.53 % / 解説: plate like, 100x100x20
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % PEG20000, 20 % PEGMME550 in 0.03 M CaCl2, 0.03M MgCl2, 0.1 M Mops/Hepes-Na pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.294→47.874 Å / Num. all: 124371 / Num. obs: 122350 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.294→1.33 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CPL

2cpl

解像度: 1.294→47.874 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1949	2461	2.01 %	Random selection
R_work	0.1694	-	-	-
obs	0.1699	122350	97.11 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.294→47.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4228	0	4	1147	5379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	6000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.218	1680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2942-1.319	0.3525	97	0.3387	5692	X-RAY DIFFRACTION	83
1.319-1.346	0.2849	128	0.2819	6755	X-RAY DIFFRACTION	99
1.346-1.3752	0.3041	148	0.2746	6675	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3752-1.4072	0.2497	146	0.2494	6698	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4072-1.4424	0.2546	129	0.2293	6702	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4424-1.4814	0.2334	139	0.2101	6789	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4814-1.525	0.2056	143	0.1909	6698	X-RAY DIFFRACTION	98
1.525-1.5743	0.2347	127	0.1836	6749	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5743-1.6305	0.1662	141	0.1649	6759	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6305-1.6958	0.1981	144	0.164	6703	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6958-1.773	0.1941	139	0.1614	6807	X-RAY DIFFRACTION	99
1.773-1.8665	0.202	145	0.1592	6751	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8665-1.9834	0.1793	141	0.1599	6632	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9834-2.1366	0.1926	141	0.1515	6606	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1366-2.3516	0.2058	133	0.1536	6741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3516-2.6918	0.1719	163	0.154	6717	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6918-3.3913	0.1587	126	0.1526	6630	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3913-47.9072	0.1783	131	0.1485	6785	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6714	-1.4235	0.5093	1.7709	-0.3687	0.6574	-0.0076	0.0743	0.1624	-0.0237	-0.0264	-0.1605	-0.0729	0.0326	0.068	0.0957	-0.0115	0.0008	0.1056	-0.0054	0.1328	8.7191	17.8729	42.943
2	0.8625	-0.2348	0.3388	0.7763	0.1361	1.0442	-0.0103	-0.0427	-0.0246	0.0641	-0.0011	0.0157	0.0157	-0.0359	-0.0205	0.0705	-0.0058	0.0116	0.0745	0.0094	0.0811	11.9873	-0.5086	48.9736
3	3.0055	-0.8552	-0.2567	0.5874	0.0408	0.3421	-0.0614	-0.0883	0.0085	0.0476	0.041	0.0592	0.0203	-0.0531	0.0101	0.0941	-0.0168	0.0041	0.0781	-0.0111	0.0968	-5.9126	2.3268	50.2229
4	1.5476	-0.1877	0.272	0.419	0.1486	0.5972	-0.0107	-0.0026	-0.134	0.03	0.0119	0.0461	0.0246	0.0052	0.0084	0.0773	-0.0016	0.0158	0.057	0.0124	0.0927	8.7633	-2.0411	45.0559
5	2.2339	-0.754	0.6012	1.1896	-0.2635	1.3681	0.0328	0.1822	-0.159	-0.0564	-0.0225	0.0146	-0.01	0.0836	-0.007	0.0772	0.0048	0.0115	0.0651	0.0018	0.0956	2.0877	15.1777	37.8512
6	2.4716	0.2543	0.233	3.689	1.2983	3.8163	-0.1696	0.1952	-0.3518	-0.1855	0.0223	0.1994	0.2305	-0.1942	0.1409	0.1137	-0.0223	0.0214	0.1213	0.0061	0.1623	11.874	-22.1157	78.2078
7	1.5765	-0.1337	0.1681	0.5596	-0.1413	0.6855	-0.0104	-0.0879	0.1085	0.0378	-0.0001	0.0247	-0.0409	-0.0202	-0.0014	0.0804	0.0058	0.0201	0.073	-0.0024	0.0838	5.8526	2.6253	88.0184
8	3.8278	0.313	1.2275	1.0518	0.5826	0.9177	-0.0167	0.0252	-0.1748	-0.0074	0.0231	-0.0737	0.0647	0.1053	-0.0087	0.0878	0.0052	0.0207	0.0805	0.0087	0.1258	31.8801	-6.2523	85.2645
9	1.1355	-0.0356	-0.0892	0.6503	-0.1532	0.5595	-0.0198	0.0178	0.075	-0.0043	0.0297	0.0044	-0.0302	-0.0361	-0.0167	0.0863	0.0044	0.011	0.0691	0.0023	0.0982	9.6011	2.8799	82.154
10	1.4219	-0.2359	-0.4203	1.2327	-0.0093	0.8526	-0.0267	0.1416	-0.094	-0.0868	0.0066	-0.0578	0.0298	-0.0568	0.0252	0.1078	0.0041	0.0071	0.0885	-0.0245	0.1152	16.0268	-14.5357	75.2794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 225 through 266 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 19 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 20 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 96 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 224 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 225 through 266 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)