PDB-5ex1: Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex1

タイトル

Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

キーワード

ISOMERASE / cyclophilin / PPIase / rotamase / folding helper

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hirschia baltica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.053 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel Family of Cyclophilins, the AquaCyps.
著者: Jakob, R.P. / Schmidpeter, P.A. / Koch, J.R. / Schmid, F.X. / Maier, T.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex1.cif.gz	955.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex1.ent.gz	809.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ex1_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ex1_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	5ex1_validation.xml.gz	72.9 KB	表示
CIF形式データ	5ex1_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ex2C 2cplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jfq-d 1g5p-d 1xcp-2 1kc6-2 1j7i-1 3ugg-1 1xcp-1 2nip-d 5guw-1 1xdb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
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1

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.590, 103.180, 173.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type / AquaCyp300 分子量: 31923.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hirschia baltica (strain ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418) (バクテリア) 遺伝子: Hbal_3123 / プラスミド: pNIC28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XII3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 % / 解説: plate like, 200x200x30
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % PEG20000, 20 % PEGMME550 in 0.03 M CaCl2, 0.03M MgCl2, 0.1 M Mops/Hepes-Na pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.053→88.682 Å / Num. all: 111758 / Num. obs: 110389 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.053→2.18 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CPL

2cpl

解像度: 2.053→88.682 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2132	2204	2 %	Random selection
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1746	110389	99.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.053→88.682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12910	0	3	1665	14578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	17921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.716	5041
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0526-2.0972	0.2601	125	0.234	6002	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0972-2.146	0.2874	140	0.2264	6739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.1997	0.2451	161	0.2193	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1997-2.2592	0.2639	133	0.2079	6723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2592-2.3257	0.2164	147	0.2034	6788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3257-2.4007	0.2629	126	0.1988	6840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4007-2.4865	0.2412	130	0.1955	6751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.5861	0.2487	139	0.1954	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5861-2.7038	0.2296	135	0.1886	6787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7038-2.8464	0.2447	141	0.1844	6825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8464-3.0247	0.2302	139	0.1781	6812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0247-3.2583	0.1969	134	0.177	6791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2583-3.5862	0.2254	156	0.1598	6843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5862-4.1051	0.1772	135	0.1467	6806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1051-5.1719	0.1418	127	0.1338	6877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1719-88.765	0.2021	136	0.1678	6928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2319	-1.5398	1.1294	7.3716	-2.1364	1.8007	0.1057	0.3326	0.1147	-0.2196	-0.2654	-0.2228	0.0728	0.32	0.0693	0.3781	0.0559	0.1123	0.3409	0.0587	0.258	6.0156	23.8537	-35.8262
2	1.7256	0.5309	-0.5042	1.7786	0.1954	1.3426	0.0615	0.3017	-0.0897	-0.1751	-0.1161	0.0834	0.0103	-0.0085	0.0113	0.2235	0.0245	-0.0146	0.2326	0.0145	0.1818	-6.6632	23.2585	-30.0481
3	1.4566	-0.311	0.0845	1.3402	0.3099	1.1926	0.036	0.087	-0.1539	-0.0272	-0.0752	0.0541	0.183	0.0512	0.0403	0.2336	-0.003	-0.0318	0.1755	-0.0088	0.1624	-1.2914	10.9343	-23.6573
4	1.177	0.195	-0.101	2.5275	0.4327	2.9491	0.056	-0.0503	0.1085	-0.0549	-0.0001	-0.3464	-0.1412	0.641	-0.1004	0.1919	-0.0307	0.0129	0.2864	0.0325	0.2785	14.9534	32.0868	-20.3229
5	1.1335	0.1768	-0.4511	1.6842	-0.3651	1.1736	0.0959	-0.0735	-0.0255	-0.0085	-0.1102	-0.1149	0.0607	0.1082	0.0099	0.1823	-0.0027	-0.0223	0.2047	0.0147	0.1656	5.6313	20.0541	-19.2307
6	3.1197	-0.8383	1.4363	5.7647	-4.6981	8.1829	-0.0526	-0.2003	-0.1294	0.2868	0.0539	0.2264	0.2749	-0.1184	0.0445	0.3005	-0.0031	0.0244	0.2075	-0.0566	0.1907	-11.4769	18.918	-10.7101
7	2.4121	-0.2429	0.4731	1.2533	0.746	1.1398	0.0791	0.1817	0.026	-0.1652	0.0027	0.3264	0.1282	-0.7237	-0.1862	0.2114	-0.0095	-0.0213	0.2633	-0.0133	0.3059	-13.8897	16.0107	-27.0722
8	1.8818	0.6845	0.7001	1.7719	0.2783	2.2066	0.1715	0.1003	0.6245	0.0684	-0.1489	0.1398	-0.5474	0.0724	-0.0242	0.3866	-0.0148	0.0585	0.2781	0.0521	0.3778	4.2716	38.9606	-26.974
9	0.4256	-0.6018	-0.4701	1.0565	1.0556	1.0941	0.1695	0.0053	0.2052	-0.0969	-0.1078	-0.1765	-0.2759	-0.0787	0.0131	0.3823	-0.0364	0.037	0.2455	0.0004	0.2814	0.5481	42.8101	-15.9762
10	1.595	0.3558	-2.2712	1.972	-1.6228	7.4245	0.0689	-0.1012	-0.1187	0.2479	-0.2291	-0.154	-0.4978	0.1595	0.0569	0.2584	-0.0336	-0.0129	0.2641	-0.0528	0.2025	39.8138	1.7887	-37.6131
11	1.0152	-0.7947	0.0813	1.1797	-0.4155	1.2188	0.0198	-0.0937	0.0664	0.0182	0.0045	0.1221	-0.1935	-0.0548	-0.0263	0.2221	-0.0104	0.0032	0.189	-0.0269	0.2532	30.4236	-0.8091	-44.557
12	1.5837	-0.4978	-0.1813	1.9879	-0.0573	1.0492	0.1563	0.1811	-0.0375	-0.39	-0.0696	0.2006	0.0172	0.0496	-0.0903	0.2144	0.0021	-0.02	0.2085	-0.0267	0.2063	31.8552	-4.1885	-57.2108
13	1.1944	0.0456	0.2707	4.022	0.698	2.0508	0.1143	-0.0115	-0.1835	0.4344	0.142	-0.6314	0.0545	0.4327	-0.1195	0.165	0.0031	-0.0319	0.259	-0.0439	0.2311	48.8904	-15.514	-38.0485
14	0.976	-0.252	0.4924	2.1407	0.3743	2.532	0.094	0.0849	-0.0844	-0.1141	-0.0185	-0.0302	0.0093	0.1615	-0.0568	0.1692	-0.0145	0.0082	0.2047	-0.0383	0.2148	39.7301	-10.5922	-49.1587
15	2.2562	-0.1877	-0.1855	3.0711	3.0129	7.6344	-0.1849	0.2663	-0.4616	-0.3044	0.0015	0.5316	0.4013	-0.1679	0.067	0.2814	-0.0638	-0.0593	0.2337	-0.0486	0.3925	22.8622	-17.5324	-54.8261
16	2.1446	-0.165	0.7547	1.9721	-0.0796	2.1704	-0.1091	-0.102	0.1588	-0.1771	-0.1066	1.0015	-0.3075	-0.5937	0.0373	0.198	0.0301	0.0006	0.321	0.0291	0.4168	20.0885	-1.9731	-49.3285
17	1.7926	-1.8021	0.6983	2.7675	-0.3434	1.9571	-0.0594	-0.199	-0.2095	0.4296	0.1328	0.3345	0.4295	-0.0955	-0.221	0.3614	-0.0321	0.0437	0.2499	-0.0126	0.2176	37.9497	-13.479	-29.0119
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精密化 TLSグループ

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35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 28 through 52 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 53 through 108 )
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 207 through 233 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 234 through 252 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 253 through 279 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 8 through 27 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 28 through 68 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 69 through 88 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 89 through 108 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 109 through 126 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 127 through 188 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 189 through 206 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 207 through 233 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 234 through 252 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 253 through 279 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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