PDB-5ex1: Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex1

タイトル

Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

キーワード

ISOMERASE / cyclophilin / PPIase / rotamase / folding helper

機能・相同性

Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

機能・相同性情報

生物種

Hirschia baltica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.053 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel Family of Cyclophilins, the AquaCyps.
著者: Jakob, R.P. / Schmidpeter, P.A. / Koch, J.R. / Schmid, F.X. / Maier, T.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex1.cif.gz	954.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex1.ent.gz	809.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ex1_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ex1_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	5ex1_validation.xml.gz	72.9 KB	表示
CIF形式データ	5ex1_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ex2C 2cplS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jfq-d 1g5p-d 1xcp-2 1kc6-2 1j7i-1 3ugg-1 1xcp-1 2nip-d 5guw-1 1xdb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
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1

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.590, 103.180, 173.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type / AquaCyp300 分子量: 31923.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hirschia baltica (strain ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418) (バクテリア) 遺伝子: Hbal_3123 / プラスミド: pNIC28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XII3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 % / 解説: plate like, 200x200x30
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % PEG20000, 20 % PEGMME550 in 0.03 M CaCl2, 0.03M MgCl2, 0.1 M Mops/Hepes-Na pH 7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.053→88.682 Å / Num. all: 111758 / Num. obs: 110389 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.053→2.18 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CPL

2cpl

解像度: 2.053→88.682 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2132	2204	2 %	Random selection
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1746	110389	99.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.053→88.682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12910	0	3	1665	14578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	17921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.716	5041
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0526-2.0972	0.2601	125	0.234	6002	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0972-2.146	0.2874	140	0.2264	6739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.1997	0.2451	161	0.2193	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1997-2.2592	0.2639	133	0.2079	6723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2592-2.3257	0.2164	147	0.2034	6788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3257-2.4007	0.2629	126	0.1988	6840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4007-2.4865	0.2412	130	0.1955	6751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.5861	0.2487	139	0.1954	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5861-2.7038	0.2296	135	0.1886	6787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7038-2.8464	0.2447	141	0.1844	6825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8464-3.0247	0.2302	139	0.1781	6812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0247-3.2583	0.1969	134	0.177	6791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2583-3.5862	0.2254	156	0.1598	6843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5862-4.1051	0.1772	135	0.1467	6806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1051-5.1719	0.1418	127	0.1338	6877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1719-88.765	0.2021	136	0.1678	6928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2319	-1.5398	1.1294	7.3716	-2.1364	1.8007	0.1057	0.3326	0.1147	-0.2196	-0.2654	-0.2228	0.0728	0.32	0.0693	0.3781	0.0559	0.1123	0.3409	0.0587	0.258	6.0156	23.8537	-35.8262
2	1.7256	0.5309	-0.5042	1.7786	0.1954	1.3426	0.0615	0.3017	-0.0897	-0.1751	-0.1161	0.0834	0.0103	-0.0085	0.0113	0.2235	0.0245	-0.0146	0.2326	0.0145	0.1818	-6.6632	23.2585	-30.0481
3	1.4566	-0.311	0.0845	1.3402	0.3099	1.1926	0.036	0.087	-0.1539	-0.0272	-0.0752	0.0541	0.183	0.0512	0.0403	0.2336	-0.003	-0.0318	0.1755	-0.0088	0.1624	-1.2914	10.9343	-23.6573
4	1.177	0.195	-0.101	2.5275	0.4327	2.9491	0.056	-0.0503	0.1085	-0.0549	-0.0001	-0.3464	-0.1412	0.641	-0.1004	0.1919	-0.0307	0.0129	0.2864	0.0325	0.2785	14.9534	32.0868	-20.3229
5	1.1335	0.1768	-0.4511	1.6842	-0.3651	1.1736	0.0959	-0.0735	-0.0255	-0.0085	-0.1102	-0.1149	0.0607	0.1082	0.0099	0.1823	-0.0027	-0.0223	0.2047	0.0147	0.1656	5.6313	20.0541	-19.2307
6	3.1197	-0.8383	1.4363	5.7647	-4.6981	8.1829	-0.0526	-0.2003	-0.1294	0.2868	0.0539	0.2264	0.2749	-0.1184	0.0445	0.3005	-0.0031	0.0244	0.2075	-0.0566	0.1907	-11.4769	18.918	-10.7101
7	2.4121	-0.2429	0.4731	1.2533	0.746	1.1398	0.0791	0.1817	0.026	-0.1652	0.0027	0.3264	0.1282	-0.7237	-0.1862	0.2114	-0.0095	-0.0213	0.2633	-0.0133	0.3059	-13.8897	16.0107	-27.0722
8	1.8818	0.6845	0.7001	1.7719	0.2783	2.2066	0.1715	0.1003	0.6245	0.0684	-0.1489	0.1398	-0.5474	0.0724	-0.0242	0.3866	-0.0148	0.0585	0.2781	0.0521	0.3778	4.2716	38.9606	-26.974
9	0.4256	-0.6018	-0.4701	1.0565	1.0556	1.0941	0.1695	0.0053	0.2052	-0.0969	-0.1078	-0.1765	-0.2759	-0.0787	0.0131	0.3823	-0.0364	0.037	0.2455	0.0004	0.2814	0.5481	42.8101	-15.9762
10	1.595	0.3558	-2.2712	1.972	-1.6228	7.4245	0.0689	-0.1012	-0.1187	0.2479	-0.2291	-0.154	-0.4978	0.1595	0.0569	0.2584	-0.0336	-0.0129	0.2641	-0.0528	0.2025	39.8138	1.7887	-37.6131
11	1.0152	-0.7947	0.0813	1.1797	-0.4155	1.2188	0.0198	-0.0937	0.0664	0.0182	0.0045	0.1221	-0.1935	-0.0548	-0.0263	0.2221	-0.0104	0.0032	0.189	-0.0269	0.2532	30.4236	-0.8091	-44.557
12	1.5837	-0.4978	-0.1813	1.9879	-0.0573	1.0492	0.1563	0.1811	-0.0375	-0.39	-0.0696	0.2006	0.0172	0.0496	-0.0903	0.2144	0.0021	-0.02	0.2085	-0.0267	0.2063	31.8552	-4.1885	-57.2108
13	1.1944	0.0456	0.2707	4.022	0.698	2.0508	0.1143	-0.0115	-0.1835	0.4344	0.142	-0.6314	0.0545	0.4327	-0.1195	0.165	0.0031	-0.0319	0.259	-0.0439	0.2311	48.8904	-15.514	-38.0485
14	0.976	-0.252	0.4924	2.1407	0.3743	2.532	0.094	0.0849	-0.0844	-0.1141	-0.0185	-0.0302	0.0093	0.1615	-0.0568	0.1692	-0.0145	0.0082	0.2047	-0.0383	0.2148	39.7301	-10.5922	-49.1587
15	2.2562	-0.1877	-0.1855	3.0711	3.0129	7.6344	-0.1849	0.2663	-0.4616	-0.3044	0.0015	0.5316	0.4013	-0.1679	0.067	0.2814	-0.0638	-0.0593	0.2337	-0.0486	0.3925	22.8622	-17.5324	-54.8261
16	2.1446	-0.165	0.7547	1.9721	-0.0796	2.1704	-0.1091	-0.102	0.1588	-0.1771	-0.1066	1.0015	-0.3075	-0.5937	0.0373	0.198	0.0301	0.0006	0.321	0.0291	0.4168	20.0885	-1.9731	-49.3285
17	1.7926	-1.8021	0.6983	2.7675	-0.3434	1.9571	-0.0594	-0.199	-0.2095	0.4296	0.1328	0.3345	0.4295	-0.0955	-0.221	0.3614	-0.0321	0.0437	0.2499	-0.0126	0.2176	37.9497	-13.479	-29.0119
18	0.1197	0.1144	0.2015	1.9916	-0.4014	0.7443	0.0483	-0.228	-0.1405	0.2763	0.0128	0.032	0.3497	-0.0144	-0.0894	0.458	-0.0335	-0.0096	0.2536	0.0146	0.3432	34.3493	-24.9705	-31.2806
19	2.0672	2.0239	1.1762	5.1841	3.0975	4.7974	0.1621	0.0459	-0.2324	0.1165	0.0031	-0.154	0.288	0.0852	-0.0427	0.2526	0.0467	-0.034	0.1925	0.0236	0.2558	23.1902	14.3767	-55.8425
20	0.8469	0.0641	-0.0306	0.3991	-0.0272	1.0238	-0.0103	-0.0707	-0.1333	0.113	0.0676	0.0422	0.0674	-0.0597	-0.0606	0.2496	-0.0227	0.0092	0.2325	0.0288	0.207	13.9108	21.824	-54.7046
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23	1.2702	-0.0328	-0.0721	1.198	0.2251	1.4592	0.0578	-0.0171	0.0175	0.0679	-0.021	-0.1063	-0.0264	0.0537	-0.0267	0.1949	-0.0158	0.012	0.2138	0.0292	0.1824	23.6144	30.8638	-60.1583
24	2.7741	2.2066	0.7547	8.3014	1.4464	2.7369	-0.0939	-0.0783	0.2608	-0.1654	-0.0308	0.3604	-0.2308	-0.1404	0.0584	0.2105	-0.0024	0.0129	0.2504	0.0383	0.1904	6.9726	39.4596	-63.687
25	2.3439	0.7197	-0.6941	2.0025	-0.5456	1.817	-0.1334	-0.1951	-0.1851	0.4729	0.2733	0.8644	0.0324	-0.4095	0.0266	0.1525	-0.0225	0.0223	0.3785	0.0006	0.2635	3.4563	27.2103	-53.3543
26	1.1339	-0.2575	-0.3807	2.0588	-0.1357	2.9363	0.0908	0.5388	-0.097	-0.279	-0.0244	0.0948	0.3244	-0.1418	-0.0008	0.3308	-0.0108	-0.0399	0.2997	-0.019	0.2465	21.2387	14.8408	-72.6624
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28	1.046	0.0571	0.406	1.0907	-0.7827	3.4398	0.1048	0.1657	-0.371	-0.3788	0.0846	0.4906	1.4233	0.118	-0.0797	0.6144	-0.1769	-0.1752	0.2656	-0.0262	0.6312	21.9112	-42.8121	-53.541
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45	3.5023	-1.1128	0.6541	2.1189	-1.4382	2.6313	0.1582	0.134	-0.1221	-0.1618	-0.0634	0.2752	-0.049	-0.1592	-0.0159	0.2008	0.0215	-0.0046	0.3242	0.0209	0.2063	-0.92	33.7688	-82.9051
46	0.4828	-0.0194	0.1178	1.7039	0.0256	2.413	0.0131	0.5402	-0.094	-0.4307	0.0443	0.1522	-0.0623	-0.2291	-0.075	0.305	0.0612	-0.0001	0.4659	0.0614	0.2643	4.2633	37.0631	-97.1943
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48	1.4365	-0.0946	0.7108	1.2934	0.1179	1.0963	0.0025	0.2878	0.1	-0.1659	-0.1008	-0.0914	-0.0992	0.1883	0.0319	0.2304	0.0316	0.0404	0.3259	0.0778	0.1816	14.0062	38.4502	-87.8945
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50	2.0513	-0.6244	-0.4288	1.8882	-0.228	1.7048	-0.0801	0.0606	0.1696	0.3348	0.2225	1.0443	-0.2206	-0.4487	-0.1714	0.2163	0.0969	0.0179	0.4539	0.0014	0.3165	-5.4275	43.7476	-80.9446
51	5.8998	-0.232	1.3452	0.6509	0.8222	1.4753	0.165	0.099	0.3075	0.1154	-0.0871	-0.1743	-0.3865	0.0442	-0.0332	0.4982	-0.0539	-0.0237	0.2567	0.0551	0.5214	21.8464	54.0796	-76.7308
52	0.7294	-0.4231	1.03	0.2275	-0.567	1.3385	-0.1217	-0.0582	0.0554	0.2378	0.0536	0.0857	-0.3876	-0.0007	0.1064	0.3128	-0.0513	0.0138	0.2887	0.0374	0.3321	24.2613	45.8194	-68.0811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 252 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 9 through 28 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 29 through 68 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 69 through 108 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 109 through 126 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 127 through 188 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 189 through 206 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 207 through 233 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 234 through 252 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 253 through 279 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 9 through 28 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 29 through 68 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 69 through 108 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 109 through 126 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 127 through 188 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 189 through 206 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 207 through 232 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 233 through 252 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 253 through 280 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 9 through 52 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 53 through 88 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 89 through 188 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 189 through 233 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 234 through 252 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 253 through 280 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 8 through 27 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 28 through 52 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 53 through 108 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 109 through 126 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 127 through 188 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 189 through 206 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 207 through 233 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 234 through 252 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 253 through 279 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 8 through 27 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 28 through 68 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 69 through 88 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 89 through 108 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 109 through 126 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 127 through 188 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 189 through 206 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 207 through 233 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 234 through 252 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 253 through 279 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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