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Yorodumi- PDB-5ex1: Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ex1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of cyclophilin AquaCyp300 from Hirschia baltica | ||||||
Components | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin type | ||||||
Keywords | ISOMERASE / cyclophilin / PPIase / rotamase / folding helper | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Hirschia baltica (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.053 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Maier, T. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2016Title: Structural and Functional Characterization of a Novel Family of Cyclophilins, the AquaCyps. Authors: Jakob, R.P. / Schmidpeter, P.A. / Koch, J.R. / Schmid, F.X. / Maier, T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ex1.cif.gz | 955.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ex1.ent.gz | 809.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ex1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ex1_validation.pdf.gz | 448.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ex1_full_validation.pdf.gz | 453.8 KB | Display | |
| Data in XML | 5ex1_validation.xml.gz | 72.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ex1_validation.cif.gz | 106.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ex2C ![]() 2cplS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 31923.971 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hirschia baltica (strain ATCC 49814 / DSM 5838 / IFAM 1418) (bacteria)Gene: Hbal_3123 / Plasmid: pNIC28a / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.97 % / Description: plate like, 200x200x30 |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10 % PEG20000, 20 % PEGMME550 in 0.03 M CaCl2, 0.03M MgCl2, 0.1 M Mops/Hepes-Na pH 7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.99999 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.053→88.682 Å / Num. all: 111758 / Num. obs: 110389 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 11.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.053→2.18 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2CPL Resolution: 2.053→88.682 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.24 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.053→88.682 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Hirschia baltica (bacteria)
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