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- PDB-5ewp: ARO (armadillo repeats only protein) from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ewp
タイトルARO (armadillo repeats only protein) from Plasmodium falciparum
要素ARO (armadillo repeats only protein)
キーワードPROTEIN BINDING / translocation and attachment of rhoptries to apical pole of parasite / armadillo repeats only
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum Santa Lucia (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brown, C. / Zhang, K. / Emery, J. / Prusty, D. / Wetzel, J. / Heincke, D. / Gilberger, T. / Junop, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ARO (armadillo repeats only protein) from Plasmodium falciparum
著者: Brown, C. / Zhang, K. / Emery, J. / Prusty, D. / Wetzel, J. / Heincke, D. / Gilberger, T. / Junop, M.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARO (armadillo repeats only protein)
B: ARO (armadillo repeats only protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5002
ポリマ－56,5002
非ポリマー00
水11,494638
1
A: ARO (armadillo repeats only protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2501
ポリマ－28,2501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ARO (armadillo repeats only protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2501
ポリマ－28,2501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.800, 54.940, 64.650
Angle α, β, γ (deg.)106.68, 100.57, 99.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ARO (armadillo repeats only protein)


分子量: 28250.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Santa Lucia (マラリア病原虫)
遺伝子: PFAG_00718 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7FPA1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium flouride, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.36 Å / Num. obs: 96059 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→33.856 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 2623 4.94 %Random selection
Rwork0.1693 ---
obs0.1704 53065 97.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3677 0 0 638 4315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0335069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7891349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83270.28881360.24312632X-RAY DIFFRACTION95
1.8327-1.8680.24141250.22282627X-RAY DIFFRACTION96
1.868-1.90610.23841260.21092616X-RAY DIFFRACTION96
1.9061-1.94760.26691270.20782671X-RAY DIFFRACTION96
1.9476-1.99290.24111420.19762637X-RAY DIFFRACTION97
1.9929-2.04270.18941350.18092642X-RAY DIFFRACTION96
2.0427-2.09790.21811360.18332621X-RAY DIFFRACTION97
2.0979-2.15960.20781440.17252678X-RAY DIFFRACTION97
2.1596-2.22930.1921590.16642636X-RAY DIFFRACTION97
2.2293-2.3090.21061620.16692615X-RAY DIFFRACTION97
2.309-2.40140.19781330.17032670X-RAY DIFFRACTION97
2.4014-2.51070.22091590.17712674X-RAY DIFFRACTION98
2.5107-2.6430.21111180.17382690X-RAY DIFFRACTION98
2.643-2.80850.1991270.17472677X-RAY DIFFRACTION98
2.8085-3.02520.18581620.1772685X-RAY DIFFRACTION98
3.0252-3.32940.21531230.17052723X-RAY DIFFRACTION99
3.3294-3.81060.15861210.15072690X-RAY DIFFRACTION99
3.8106-4.79880.1441390.13512681X-RAY DIFFRACTION98
4.7988-33.86220.17421490.17162577X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.6834 Å / Origin y: -23.8732 Å / Origin z: -59.8227 Å
111213212223313233
T0.0975 Å20.0171 Å20.0098 Å2-0.0677 Å20.0014 Å2--0.1165 Å2
L0.4068 °20.0944 °20.007 °2-0.1128 °2-0.1257 °2--1.4617 °2
S0.0516 Å °-0.0004 Å °-0.018 Å °0.0162 Å °0.051 Å °0.0114 Å °-0.1704 Å °-0.0797 Å °0.0564 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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