+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ewl | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / NMDA Receptor / allosteric inhibition / GluN2B subunit | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / NMDA selective glutamate receptor complex ...excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / NMDA selective glutamate receptor complex / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / glutamate receptor signaling pathway / protein heterotetramerization / glycine binding / response to zinc ion / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / Long-term potentiation / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / EPHB-mediated forward signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / long-term synaptic potentiation / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / brain development / regulation of synaptic plasticity / late endosome / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / lysosome / postsynaptic density / learning or memory / cytoskeleton / neuron projection / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Pandit, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2016 タイトル: A Novel Binding Mode Reveals Two Distinct Classes of NMDA Receptor GluN2B-selective Antagonists. 著者: Stroebel, D. / Buhl, D.L. / Knafels, J.D. / Chanda, P.K. / Green, M. / Sciabola, S. / Mony, L. / Paoletti, P. / Pandit, J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ewl.cif.gz | 580.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ewl.ent.gz | 476.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ewl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ewl_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5ewl_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ewl_validation.xml.gz | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ewl_validation.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 43757.977 Da / 分子数: 2 / 断片: Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408) / 変異: N61Q,N371Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: grin1, NR1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q91977, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 41351.902 Da / 分子数: 2 / 断片: Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394) / 変異: N348D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN2B, NMDAR2B 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13224 |
---|
-糖 , 2種, 7分子
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 277分子
#4: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0 / PH範囲: 6.8-7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月20日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.98→120.31 Å / Num. obs: 41141 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 80.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 106198 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3QEL 解像度: 2.98→30.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9424 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.339
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.87 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.308 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.98→30.04 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.98→3.06 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|