PDB-5evy: Salicylate hydroxylase substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5evy

タイトル

Salicylate hydroxylase substrate complex

要素

Salicylate hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex / Monooxygenase

機能・相同性

Salicylate 1-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Salicylate hydroxylase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Morimoto, Y. / Uemura, T.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: The catalytic mechanism of decarboxylative hydroxylation of salicylate hydroxylase revealed by crystal structure analysis at 2.5 angstrom resolution
著者: Uemura, T. / Kita, A. / Watanabe, Y. / Adachi, M. / Kuroki, R. / Morimoto, Y.

履歴

登録	2015年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5evy.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5evy.ent.gz	72.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5evy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7meu-d 5mpt-d 5u4s-d 5du3-1 5lcc-d 3r4l-d 3nye-d 3vx1-d 6yqb-2 4npr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Salicylate hydroxylase

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.330, 142.330, 62.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	Salicylate hydroxylase 分子量: 47192.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: sal / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59713, salicylate 1-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→43.83 Å / Num. obs: 26083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.47→2.6 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
Coot		モデル構築
MOSFLM		データ収集
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.47→37.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 9.858 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26017	1324	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20084	-	-	-
obs	0.20385	24736	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.152 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→37.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3119	0	53	68	3240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.973	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.876	3	7060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.862	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.915	23.383	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.996	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.367	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.244	6.431	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.236	6.427	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.704	9.628	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.703	9.634	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.439	6.84	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.428	6.836	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.274	10.095	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.044	54.415	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.04	54.44	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.534 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	89	-
R_work	0.327	1802	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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