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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5evk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase L1 in complex with the bisthiazolidine inhibitor L-CS319 | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase L1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / inhibitor / carbapenemase / antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cross-class metallo-beta-lactamase inhibition by bisthiazolidines reveals multiple binding modes. 著者: Hinchliffe, P. / Gonzalez, M.M. / Mojica, M.F. / Gonzalez, J.M. / Castillo, V. / Saiz, C. / Kosmopoulou, M. / Tooke, C.L. / Llarrull, L.I. / Mahler, G. / Bonomo, R.A. / Vila, A.J. / Spencer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4nq6C ![]() 5ev6C ![]() 5ev8C ![]() 5evbC ![]() 5evdC ![]() 5ew0C ![]() 5ewaC ![]() 1smlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28894.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-3C7 / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Hepes pH 7.75, 2.0 M ammonium sulphate, 1.5% PEG400. 1 ul protein (15 mg/ml) mixed with 1 ul reservoir. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.627→30.872 Å / Num. obs: 40522 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 65.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 41.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.627→1.66 Å / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1SML 解像度: 1.627→30.872 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.627→30.872 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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