PDB-5evc: Crystal structure of putative aspartate racemase from Salmonella ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5evc

タイトル

Crystal structure of putative aspartate racemase from Salmonella Typhimurium complexed with sulfate and potassium

要素

Putative aspartate racemase

キーワード

ISOMERASE / racemase / alpha beta fold / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

amino-acid racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative aspartate racemase from Salmonella Typhimurium complexed with sulfate and potassium
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5evc.cif.gz	206.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5evc.ent.gz	163.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5evc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5evc_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5evc_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	5evc_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	5evc_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s7zS 3s81 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s81-2 2v32-1 6iyf-d 4tw0-3 3s7z-d 2gb8-d 1dbt-2 6nop-d 6hlz-1 1cg3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02135

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative aspartate racemase

B: Putative aspartate racemase

ヘテロ分子

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.328, 85.328, 113.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Putative aspartate racemase 分子量: 29124.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM4510 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8ZJZ9

-
非ポリマー , 7種, 278分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium fluoride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→39.96 Å / Num. all: 50547 / Num. obs: 50547 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 27.65
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 3.428 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2104)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3S7Z

3s7z

解像度: 1.7→39.957 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1573	2568	5.08 %	random
R_work	0.1352	-	-	-
obs	0.1368	50528	97.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3598	0	31	267	3896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.781	5232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.506	2338
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7339	0.2408	160	0.1925	2649	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7339-1.7693	0.1928	144	0.1737	2685	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7693-1.8078	0.1886	153	0.1617	2671	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8078-1.8498	0.1777	166	0.1514	2697	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8498-1.8961	0.1509	149	0.1448	2688	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8961-1.9473	0.1613	126	0.1416	2674	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9473-2.0046	0.1679	150	0.1372	2660	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0046-2.0693	0.1667	142	0.1433	2672	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0693-2.1432	0.1705	150	0.1418	2663	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1432-2.2289	0.1523	148	0.1433	2666	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2289-2.3303	0.1497	139	0.1335	2670	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3303-2.4531	0.145	137	0.132	2673	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4531-2.6066	0.156	111	0.141	2675	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6066-2.8076	0.1783	149	0.1398	2650	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8076-3.0896	0.1677	144	0.1399	2649	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0896-3.5356	0.1495	127	0.1245	2657	X-RAY DIFFRACTION	92
3.5356-4.4502	0.1171	143	0.111	2608	X-RAY DIFFRACTION	91
4.4502-24.6346	0.1489	129	0.1223	2613	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.502	0.2492	0.448	0.7612	0.0308	2.6419	0.0056	0.005	0.0334	0.0177	-0.0775	0.1683	-0.0483	-0.0465	0.0306	0.1206	0.0219	-0.0285	0.0899	-0.0361	0.0861	-36.9483	4.2038	-1.7899
2	2.4487	1.3738	-0.8394	1.2371	-1.1518	2.4003	0.0922	0.0685	0.0865	-0.1004	-0.0396	0.3015	-0.0899	-0.2425	-0.0356	0.1117	0.0535	-0.0646	0.1271	-0.0538	0.1443	-46.0695	5.0932	-7.1555
3	1.226	0.3157	-0.0322	1.0958	0.2405	2.1203	-0.0444	0.083	0.0805	-0.1087	-0.0169	0.2262	-0.2666	-0.054	0.0759	0.1589	0.0315	-0.0647	0.1088	-0.0191	0.0987	-36.189	16.6843	-11.2517
4	6.9303	-4.1301	-0.7963	7.129	1.141	0.6012	0.1567	0.2778	0.0369	-0.2767	-0.0814	0.0552	-0.269	-0.0454	-0.0438	0.2346	0.0074	-0.0453	0.1917	0.0118	0.0784	-28.602	24.1973	-16.3442
5	0.9629	0.1115	-0.3012	2.3745	0.6545	2.408	0.0139	0.1418	-0.0563	-0.2077	0.0209	-0.1767	0.0176	0.5034	-0.0258	0.138	0.0285	-0.0252	0.2598	-0.0354	0.0678	-20.289	8.1018	-15.9536
6	0.721	0.8767	0.7369	1.9284	-0.1475	2.0374	-0.0557	0.0293	0.0703	0.04	0.0072	-0.0155	-0.0662	0.2908	0.0798	0.1162	-0.0003	-0.0618	0.1156	-0.0272	0.0581	-29.414	13.9035	1.2946
7	4.0437	0.8195	-5.209	2.8106	-0.0385	7.1299	0.024	-0.3569	-0.1913	0.0081	-0.4112	-0.0903	0.1096	0.4101	0.3968	0.4113	0.0156	-0.1177	0.585	0.051	0.5587	-38.2956	12.3076	18.2694
8	0.783	0.0417	-0.4696	0.8762	0.0259	0.662	-0.0564	0.0678	-0.07	-0.1653	-0.1612	0.4202	0.0627	-0.3151	0.0147	0.1276	-0.0031	-0.0537	0.1546	-0.0986	0.1975	-44.8933	-8.7087	-2.832
9	0.6437	-0.2174	-0.1154	0.4213	0.1478	1.8898	0.0024	0.079	-0.0208	-0.0944	-0.1326	0.0878	0.1094	0.0446	0.115	0.1565	0.0231	-0.0166	0.0958	-0.0283	0.0702	-31.7656	-7.3024	-5.3736
10	1.3235	-0.5876	0.5876	0.8443	-0.3934	2.9076	-0.0138	-0.0616	-0.0543	0.0944	-0.0132	0.2938	0.0645	-0.2231	0.0217	0.1104	-0.0172	0.0412	0.101	-0.04	0.1223	-43.0672	-7.8736	11.8661
11	3.7206	-1.2782	0.28	1.7614	-0.1946	2.2516	-0.0543	0.0508	-0.2413	0.0009	-0.0646	0.3289	0.1904	-0.23	0.119	0.1253	-0.0325	0.0312	0.097	-0.0301	0.1252	-40.0216	-18.4102	9.2916
12	0.9943	-0.2642	-0.6399	2.1196	1.6083	1.6137	-0.1882	-0.2415	-0.1378	0.3604	0.1445	0.0667	0.4524	0.2966	0.0266	0.199	0.0685	0.0211	0.1518	0.0091	0.074	-25.2589	-21.7565	15.0939
13	4.4826	2.2757	1.9484	5.7708	2.1627	2.0324	0.2328	-0.5776	-0.2502	0.7699	-0.0322	-0.132	0.4605	-0.2288	-0.1851	0.2877	0.0224	0.0058	0.2133	0.05	0.1101	-25.9537	-26.2978	17
14	1.7442	-0.4505	1.7174	2.2698	-0.2435	4.1031	-0.036	-0.2134	0.0885	0.3121	0.0809	-0.1121	-0.1313	0.2113	0.1672	0.1494	-0.0388	0.0008	0.2606	-0.083	0.0465	-22.7683	-5.2486	19.9875
15	1.55	-0.1327	0.0881	3.3732	1.0127	1.68	-0.0082	-0.066	-0.0093	0.142	0.1031	-0.35	0.0296	0.5178	-0.0633	0.1282	0.0219	0.0029	0.2456	-0.031	0.0794	-17.6632	-11.9845	13.6245
16	1.3672	-2.1651	-0.1512	3.5683	0.6548	1.2638	-0.0149	0.0739	0.2832	-0.2558	0.0669	-0.8036	-0.0661	0.9572	-0.1148	0.1818	0.0067	0.0591	0.4622	-0.0304	0.2308	-14.727	-13.9008	6.043
17	0.6401	-0.3798	-0.7799	1.4315	0.3232	1.8801	-0.1025	0.1715	-0.1989	-0.174	-0.0249	0.2401	0.1698	-0.1824	0.2193	0.1321	-0.0011	0.0079	0.1169	-0.0659	0.0905	-35.4698	-17.0373	-4.6562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -3:60 )	A	-3 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 61:84 )	A	61 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 85:133 )	A	85 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 134:148 )	A	134 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 149:200 )	A	149 - 200
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 201:232 )	A	201 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 233:233 )	A	233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID -5:12 )	B	-5 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 13:41 )	B	13 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 42:84 )	B	42 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 85:111 )	B	85 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 112:133 )	B	112 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 134:148 )	B	134 - 148
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 149:166 )	B	149 - 166
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 167:200 )	B	167 - 200
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 201:213 )	B	201 - 213
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 214:232 )	B	214 - 232

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 278分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 278分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 278分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)