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- PDB-5eud: S1P Lyase Bacterial Surrogate bound to N-(1-(4-(3-hydroxyprop-1-y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eud
タイトルS1P Lyase Bacterial Surrogate bound to N-(1-(4-(3-hydroxyprop-1-yn-1-yl)phenyl)-2-((4-methoxy-2,5-dimethylbenzyl)amino)ethyl)-5-methylisoxazole-3-carboxamide
要素Putative sphingosine-1-phosphate lyase
キーワードLYASE / S1P Lyase bacterial surrogate
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine-1-phosphate aldolase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / sphingolipid catabolic process / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2150 / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Helix Hairpins / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Helix non-globular ...Helix Hairpins - #2150 / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Helix Hairpins / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Helix non-globular / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Special / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5S6 / PHOSPHATE ION / Putative sphingosine-1-phosphate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Symbiobacterium thermophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Banach, D. / Radziejewska, E. / Marchie, S. / DiMauro, J. / Dinges, J. / Dominguez, E. / Hutchins, C. / Judge, R.A. / Queeney, K. ...Argiriadi, M.A. / Banach, D. / Radziejewska, E. / Marchie, S. / DiMauro, J. / Dinges, J. / Dominguez, E. / Hutchins, C. / Judge, R.A. / Queeney, K. / Wallace, G. / Harris, C.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Creation of a S1P Lyase bacterial surrogate for structure-based drug design.
著者: Argiriadi, M.A. / Banach, D. / Radziejewska, E. / Marchie, S. / DiMauro, J. / Dinges, J. / Dominguez, E. / Hutchins, C. / Judge, R.A. / Queeney, K. / Wallace, G. / Harris, C.M.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sphingosine-1-phosphate lyase
B: Putative sphingosine-1-phosphate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5676
ポリマ－111,4822
非ポリマー1,0854
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14110 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area29290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.940, 85.126, 129.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative sphingosine-1-phosphate lyase


分子量: 55741.043 Da / 分子数: 2 / 変異: Y249F, L344I, F346A, L497S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Symbiobacterium thermophilum (strain T / IAM 14863) (バクテリア)
株: T / IAM 14863 / 遺伝子: STH1274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q67PY4
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-5S6 / ~{N}-[(1~{S})-2-[(4-methoxy-2,5-dimethyl-phenyl)methylamino]-1-[4-(3-oxidanylprop-1-ynyl)phenyl]ethyl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 447.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 12.5% (w/v) PEG 3350, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→64.8 Å / Num. obs: 45469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.48 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
HKL-2000データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EUE

3eue


解像度: 2.24→32.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9533 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9384 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2282 5.04 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.1644 45295 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9335 Å20 Å20 Å2
2--0.9594 Å20 Å2
3----2.8929 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.212 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→32.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6806 0 76 423 7305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.099740HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2245SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1094HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7127HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion904SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8597SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 169 5.12 %
Rwork0.2045 3131 -
all0.2072 3300 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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