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万見
- PDB-5ety: Crystal Structure of human Tankyrase-1 bound to K-756 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ety
タイトルCrystal Structure of human Tankyrase-1 bound to K-756
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE / Tankyrase / inhibitor / non-competitive / Wnt signal
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region ...: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / mitotic spindle pole / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / mRNA transport / nuclear pore / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-serine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / nuclear membrane / histone binding / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / nuclear body / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K56 / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Takahashi, Y. / Miyagi, H. / Suzuki, M. / Saito, J.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2016
タイトル: The Discovery and Characterization of K-756, a Novel Wnt/ beta-Catenin Pathway Inhibitor Targeting Tankyrase
著者: Okada-Iwasaki, R. / Takahashi, Y. / Watanabe, Y. / Ishida, H. / Saito, J. / Nakai, R. / Asai, A.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
B: Tankyrase-1
C: Tankyrase-1
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,15112
ポリマ－117,1564
非ポリマー1,9968
水1,33374
1
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7883
ポリマ－29,2891
非ポリマー4992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7883
ポリマ－29,2891
非ポリマー4992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7883
ポリマ－29,2891
非ポリマー4992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7883
ポリマ－29,2891
非ポリマー4992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.846, 74.680, 84.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1105 - 1314 / Label seq-ID: 38 - 247

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Tankyrase-1 / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 29288.953 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1091-1324 / 変異: M1266L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K56 / 3-[[1-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperidin-4-yl]methyl]-1,4-dihydroquinazolin-2-one


分子量: 433.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.1M Na-Succinate pH 5.8, 6% PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 21422 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.516 / Net I/av σ(I): 12.038 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 84084
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-33.70.8719901.10489.1
3-3.123.70.43219971.1789
3.12-3.273.80.19819751.33488.7
3.27-3.443.80.13520081.35189.6
3.44-3.653.80.12520911.42791.8
3.65-3.943.90.13321311.62794.4
3.94-4.3340.13522201.87997.3
4.33-4.964.20.12323011.89499.7
4.96-6.244.20.11423121.63799.7
6.24-5040.08423971.47197.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 48.765 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3054 1098 5.2 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.2576 20069 91.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.29 Å2 / Biso mean: 55.05 Å2 / Biso min: 17.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6571 0 132 74 6777
Biso mean--42.02 32.06 -
残基数----817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9529265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.079314506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7675806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70322.978356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3151553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3082.3453257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3082.3453256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33.5114052
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A115890.07
12B115890.07
21A115190.08
22C115190.08
31A115750.09
32D115750.09
41B113790.07
42C113790.07
51B113410.08
52D113410.08
61C118000.06
62D118000.06
LS精密化 シェル解像度: 2.898→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.578 55 -
Rwork0.579 1132 -
all-1187 -
obs--71.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5266-0.1079-0.05751.2563-0.26293.37350.00510.00070.22820.17410.02560.022-0.22820.0378-0.03080.0381-0.0249-0.00450.60480.00340.0623-36.56319.49-16.37
26.7109-0.0860.33921.47430.34723.2198-0.07730.29830.4286-0.20890.0426-0.0784-0.14-0.04670.03470.0572-0.045-0.01230.42170.0410.0782-82.75418.7-26.023
34.7939-0.5406-0.29261.41870.20692.6546-0.0588-0.2473-0.08030.08920.0204-0.07480.0564-0.17940.03840.00790.02310.00130.71860.02970.0278-81.66619.46-55.234
45.2754-0.6613-0.14851.28350.05432.6338-0.0596-0.186-0.01560.15860.013-0.0584-0.0065-0.03070.04660.0223-0.01080.00370.5694-0.02540.0559-41.796-17.12-13.001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1105 - 1314
2X-RAY DIFFRACTION2B1105 - 1314
3X-RAY DIFFRACTION3C1105 - 1314
4X-RAY DIFFRACTION4D1105 - 1314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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