PDB-5etw: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5etw

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with NLG919 analogue

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IDO1 / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wu, S.Y. / Peng, Y.H. / Wu, J.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Important Hydrogen Bond Networks in Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitor Design Revealed by Crystal Structures of Imidazoleisoindole Derivatives with IDO1.
著者: Peng, Y.H. / Ueng, S.H. / Tseng, C.T. / Hung, M.S. / Song, J.S. / Wu, J.S. / Liao, F.Y. / Fan, Y.S. / Wu, M.H. / Hsiao, W.C. / Hsueh, C.C. / Lin, S.Y. / Cheng, C.Y. / Tu, C.H. / Lee, L.C. / ...

履歴

登録	2015年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5etw.cif.gz	316.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5etw.ent.gz	257.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5etw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5etw_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5etw_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5etw_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	5etw_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5etw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5etw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ek2C 5ek3C 5ek4C 2d0tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d0t-d 6f0a-d 6mq6-d 6pz1-d 6dpr-d 4pk5-d 6kps-d 5ek3-d 5xe1-d 6wjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.674, 91.432, 128.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45384.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-XNL / (1~{R})-1-cyclohexyl-2-pyrido[3,4-b]indol-9-yl-ethanol 分子量: 294.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, Ammonium Fluoride / PH範囲: 5.5~7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 27758 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 66.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.054 / Net I/av σ(I): 24.783 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 165990

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.8	6.2	0.609	2762	0.856	0.263	0.665	1.047	99.2
2.8-2.91	6.2	0.425	2779	0.923	0.184	0.464	1.037	99.2
2.91-3.04	6.2	0.308	2765	0.953	0.133	0.336	1.086	98.8
3.04-3.2	6.2	0.223	2781	0.973	0.097	0.243	1.058	98.9
3.2-3.4	6.2	0.147	2757	0.989	0.064	0.161	1.075	98.2
3.4-3.66	6.1	0.09	2792	0.995	0.039	0.098	1.034	98.2
3.66-4.03	6	0.056	2767	0.997	0.025	0.061	1.076	98.1
4.03-4.61	5.6	0.049	2763	0.998	0.022	0.054	1.039	96.7
4.61-5.8	5.7	0.042	2780	0.998	0.019	0.046	1.044	96.4
5.8-30	5.4	0.033	2812	0.999	0.015	0.036	1.042	92.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2152	精密化
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t

解像度: 2.7→28.74 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	1403	5.06 %	Random selection
R_work	0.1886	26313	-	-
obs	0.19	27716	97.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.09 Å² / B_iso mean: 76.555 Å² / B_iso min: 36.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→28.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5856	0	130	106	6092
B_iso mean	-	-	71.99	80.81	-
残基数	-	-	-	-	739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	8343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.022	2251

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6973-2.7936	0.3102	146	0.2764	2592	2738	98
2.7936-2.9054	0.2831	147	0.25	2632	2779	99
2.9054-3.0375	0.2753	139	0.24	2626	2765	99
3.0375-3.1974	0.2598	140	0.2384	2636	2776	99
3.1974-3.3974	0.2556	130	0.2159	2631	2761	98
3.3974-3.6593	0.2266	123	0.201	2664	2787	98
3.6593-4.0266	0.1966	147	0.1718	2627	2774	98
4.0266-4.6072	0.1929	151	0.1585	2609	2760	97
4.6072-5.7968	0.1899	123	0.1694	2654	2777	96
5.7968-28.7412	0.2001	157	0.1756	2642	2799	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4879	1.5832	-2.0491	3.3393	-1.3786	3.3413	0.1396	-0.6276	-0.2257	0.152	-0.4359	-0.6769	-0.2589	1.1693	-0.0012	0.7018	-0.1472	-0.0046	0.9899	0.0624	0.7478	42.197	-1.0272	-15.5577
2	4.9415	0.2336	-1.7135	0.1262	0.1944	1.8154	0.1669	0.1315	0.6301	-0.0162	0.0541	0.216	-0.4266	-0.083	0	0.8003	-0.154	0.1234	0.6678	-0.0706	0.7017	21.4057	3.6479	-8.4811
3	0.9845	0.8756	-0.582	1.3745	-1.7349	2.2297	0.1487	0.7923	-0.3458	-0.3514	-0.1442	0.1534	0.1326	-0.2223	0	0.8609	-0.0413	0.1074	0.8193	-0.0701	0.8613	25.4807	-7.5522	-22.8091
4	2.1342	0.8076	0.536	1.407	-0.329	1.6162	0.202	0.7147	0.4688	-0.1977	-0.1702	0.1651	-0.2496	-0.3654	-0.0012	0.7898	0.0258	0.2353	0.7743	0.1346	0.733	12.6724	0.8013	-13.9265
5	2.727	-0.3211	-0.8218	2.3535	0.7792	1.6698	-0.0759	-0.6863	-0.321	0.2196	0.0365	0.7123	-0.1791	-1.3683	0	0.5884	0.0854	0.0074	0.8964	-0.0691	0.763	-6.9885	-24.9096	-23.0456
6	4.8751	-0.5481	0.7915	2.7591	-0.3288	3.4509	-0.0064	-0.1592	-0.0708	-0.1039	-0.1559	0.2087	-0.1057	-0.8879	-0	0.5393	0.0618	-0.041	0.5575	-0.0787	0.5038	-1.5627	-25.9453	-26.912
7	4.8531	-0.9441	2.0936	1.3031	-0.4284	1.1087	0.176	-0.017	-0.4872	-0.1167	-0.0408	0.0441	0.3164	-0.0095	-0	0.667	0.0306	0.0082	0.4688	-0.0379	0.545	15.9746	-35.8211	-22.717
8	1.5822	0.7305	1.2415	0.4512	0.9985	1.8576	0.1411	0.4225	0.4836	-0.5221	-0.3936	0.0569	-0.3475	0.1345	0	0.7916	0.1081	-0.0039	0.5422	0.0457	0.7992	9.0323	-16.5548	-28.9251
9	0.1647	-0.2191	0.1779	0.2063	-0.1962	0.1637	0.466	0.8758	1.5638	-0.4728	-0.3216	-1.1651	-0.5163	0.7273	0.0084	0.7344	0.0685	-0.0082	0.7445	0.0964	0.9003	21.9354	-20.2888	-25.6733
10	3.2269	-0.4479	0.6404	2.313	-0.5551	1.9073	0.096	0.6332	0.1389	-0.1955	-0.151	-0.2765	0.0769	0.3971	-0	0.5969	0.0978	-0.0231	0.6275	-0.0017	0.5525	25.8728	-31.449	-24.7879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 159 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 240 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 241 through 298 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 400 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 72 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 159 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 160 through 240 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 241 through 276 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 277 through 298 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 299 through 401 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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