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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5et2 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Lambda-Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TTGGCGCCAA) | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Ruthenium Intercalation DNA Photoactive | 機能・相同性 | : / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å | データ登録者 | Hall, J.P. / Cardin, C.J. | 資金援助 | 英国, 2件 |
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2017 タイトル: Inosine Can Increase DNA's Susceptibility to Photo-oxidation by a Ru(II) Complex due to Structural Change in the Minor Groove. 著者: Keane, P.M. / Hall, J.P. / Poynton, F.E. / Poulsen, B.C. / Gurung, S.P. / Clark, I.P. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Gunnlaugsson, T. / Quinn, S.J. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Unexpected enhancement of sensitised photo-oxidation by a Ru(II) complex on replacement of guanine with inosine in DNA 著者: Keane, P.M. / Hall, J.P. / Poynton, F.E. / Gurung, S.P. / Clark, I.P. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Gunnlaugsson, T. / Brazier, J.A. / Quinn, S.J. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5et2.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5et2.ent.gz | 23.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5et2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5et2_validation.pdf.gz | 720.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5et2_full_validation.pdf.gz | 721.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5et2_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5et2_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5et2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5et2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2965.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-RKL / |
#3: 化合物 | ChemComp-BA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1uL 2mM single stranded DNA, 1uL 4mM rac-RuTAP2dppz, 6ul of a solution containing 40mM Na-cacodylate pH 7, 12mM spermine, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol. PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日 |
放射 | モノクロメーター: Dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→23.83 Å / Num. obs: 7598 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→23.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.606 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.925 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→23.83 Å
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拘束条件 |
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