PDB-5erq: Gephyrin E domain at 1.55 angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5erq

タイトル

Gephyrin E domain at 1.55 angstrom resolution

要素

Gephyrin

キーワード

TRANSFERASE / Molybdenum cofactor / tungsten cofactor / Moco biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

Molybdenum cofactor biosynthesis / glycine receptor clustering / molybdopterin cofactor biosynthetic process / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / nitrate reductase activity / molybdopterin molybdotransferase activity / gamma-aminobutyric acid receptor clustering ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Kasaragod, V.B. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Framework for Metal Incorporation during Molybdenum Cofactor Biosynthesis.
著者: Kasaragod, V.B. / Schindelin, H.

履歴

登録	2015年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5erq.cif.gz	267.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5erq.ent.gz	219.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5erq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5erq_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5erq_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	5erq_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	5erq_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5erq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5erq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5errC 5ersC 5ertC 5eruC 5ervC 4pd0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fgd-1 5ert-1 4pd0-1 5erv-1 5err-1 5ers-1 6fgc-1 2fu3-d 4tk2-d 5eru-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gephyrin

ヘテロ分子

46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gephyrin

ヘテロ分子

A: Gephyrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.669, 99.287, 113.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1069- HOH
2	1	A-1284- HOH
3	1	A-1306- HOH
4	1	A-1324- HOH
5	1	A-1334- HOH
6	1	A-1403- HOH
7	1	A-1413- HOH
8	1	A-1417- HOH

#1: タンパク質	Gephyrin / Putative glycine receptor-tubulin linker protein 分子量: 45652.395 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 318-736 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gphn, Gph / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q03555, molybdopterin adenylyltransferase, molybdopterin molybdotransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 25% MPD / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→43 Å / Num. obs: 71703 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PD0

4pd0

解像度: 1.55→40.383 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	3553	5 %
R_work	0.1541	-	-
obs	0.1557	71069	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3181	0	56	519	3756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	4697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.71	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5712	0.2868	143	0.277	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5712-1.5937	0.2474	161	0.2607	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5937-1.6175	0.2993	143	0.2517	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6175-1.6428	0.3002	132	0.2485	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6428-1.6697	0.2429	144	0.2372	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6697-1.6985	0.2359	131	0.2289	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6985-1.7294	0.2828	139	0.2162	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7294-1.7626	0.2257	136	0.204	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7626-1.7986	0.2291	171	0.1902	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7986-1.8377	0.2343	130	0.1924	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8377-1.8805	0.2057	151	0.1814	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8805-1.9275	0.2195	132	0.1731	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9275-1.9796	0.2173	136	0.1701	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9796-2.0379	0.1634	138	0.1595	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0379-2.1036	0.1656	153	0.1444	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1036-2.1788	0.1708	125	0.149	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1788-2.266	0.1473	146	0.1425	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.266-2.3692	0.1952	147	0.1398	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3692-2.494	0.1732	169	0.1391	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.6503	0.1877	127	0.1515	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6503-2.8549	0.1782	149	0.1459	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8549-3.1421	0.2009	142	0.1445	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1421-3.5965	0.1791	140	0.1309	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5965-4.5302	0.1561	124	0.1159	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5302-40.3969	0.1667	144	0.1567	2866	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8848	-1.1328	-1.7874	3.5909	4.3054	7.1365	0.0327	0.0402	-0.1156	-0.1348	0.1957	-0.2203	0.0538	0.4491	-0.2237	0.1544	0.0471	-0.0127	0.1405	0.0465	0.1583	18.8504	130.0945	108.0056
2	1.0713	0.4523	-1.3569	0.3198	-0.4921	1.8163	0.0953	-0.181	-0.0481	0.0795	-0.1007	0.0423	-0.0774	0.1045	-0.0051	0.1397	-0.0198	-0.0004	0.1776	0.02	0.1608	-2.3492	131.1712	147.0035
3	0.8931	-0.5467	1.6914	0.9866	-0.871	3.7739	-0.0612	0.1612	0.0143	-0.0838	-0.0326	-0.0939	-0.1364	0.1754	0.0924	0.1379	-0.0066	0.0105	0.1761	0.006	0.1548	4.2585	139.9978	93.4894
4	3.4909	0.2453	1.0974	4.3296	-1.5244	1.7572	-0.1757	0.8871	0.1628	-0.7821	0.1017	-0.1368	0.0734	0.3343	0.0256	0.2534	-0.0303	0.0105	0.3508	0.0345	0.1938	17.4244	140.6559	92.6298
5	3.3008	-0.1112	0.2623	3.2055	0.302	3.4478	0.0209	0.3138	0.0681	-0.2854	0.0338	-0.2785	-0.0259	0.3745	-0.0205	0.1335	0.0234	0.0453	0.2222	0.0061	0.1613	21.4246	133.093	94.9431
6	1.5413	1.3999	0.3222	2.2129	-0.0594	0.8245	-0.0702	0.0688	-0.1284	-0.2268	0.0715	0.0634	0.1973	-0.0193	-0.0087	0.2125	0.0265	-0.011	0.145	-0.0174	0.2113	5.438	118.6488	104.1133
7	7.8075	-5.0654	-1.17	7.0233	-0.13	0.6607	0.2268	0.9667	0.2141	-0.633	0.0261	0.9032	0.0916	-0.4184	-0.2502	0.3012	-0.0267	-0.0619	0.3159	0.0613	0.3474	-5.5949	117.6357	100.4648
8	3.9849	2.0038	2.3867	2.755	-1.0705	4.3806	0.0399	0.1861	-0.6103	-0.3883	-0.0396	-0.1147	0.5662	0.0979	0.0779	0.3367	0.0126	0.0455	0.1275	-0.0168	0.3001	5.2337	109.2908	100.04

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 319 through 349 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 350 through 506 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 507 through 550 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 551 through 580 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 581 through 627 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 628 through 686 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 687 through 712 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 713 through 736 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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