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万見
- PDB-5ere: Extracellular ligand binding receptor from Desulfohalobium retbae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ere
タイトルExtracellular ligand binding receptor from Desulfohalobium retbaense DSM5692
要素Extracellular ligand-binding receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Solute Binding Protein / Tandem PAS sensor / ketoleucine / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / HK/GC/Chemotaxis protein-like, sensor domain / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / PAS domain / Beta-Lactamase / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold ...: / HK/GC/Chemotaxis protein-like, sensor domain / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / PAS domain / Beta-Lactamase / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / Extracellular ligand-binding receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfohalobium retbaense DSM 5692 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M. / Wu, R. / Endres, M. / Pokkuluri, P.R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A novel extracellular ligand receptor
著者: Joachimiak, A.
履歴
登録2015年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1988
ポリマ－62,6411
非ポリマー5587
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.946, 104.946, 140.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular ligand-binding receptor


分子量: 62640.719 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 32-599 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfohalobium retbaense DSM 5692 (バクテリア)
株: DSM 5692 / 遺伝子: Dret_0059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8WZ86

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非ポリマー , 7種, 230分子

#2: 化合物 ChemComp-COI / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / alpha-ketoisocaproic acid / α-ケトイソカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3
#3: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MCSG-4 #95 (H11): 0.2M calcium acetate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% PEG8000, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 53557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 43.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→33.187 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 2711 5.08 %
Rwork0.1721 --
obs0.1748 53415 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4069 0 36 223 4328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2865674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4231454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03640.36511310.31412631X-RAY DIFFRACTION99
2.0364-2.07550.33541510.26792594X-RAY DIFFRACTION100
2.0755-2.11790.29651500.23912625X-RAY DIFFRACTION100
2.1179-2.16390.24031570.22642605X-RAY DIFFRACTION100
2.1639-2.21430.26871200.20272663X-RAY DIFFRACTION100
2.2143-2.26960.22481600.19992609X-RAY DIFFRACTION100
2.2696-2.3310.25051430.20312642X-RAY DIFFRACTION100
2.331-2.39950.22651380.18152643X-RAY DIFFRACTION100
2.3995-2.4770.25351430.18022636X-RAY DIFFRACTION100
2.477-2.56550.21231390.17552648X-RAY DIFFRACTION100
2.5655-2.66810.21761500.17872644X-RAY DIFFRACTION100
2.6681-2.78950.21021530.17882658X-RAY DIFFRACTION100
2.7895-2.93650.30351180.192692X-RAY DIFFRACTION100
2.9365-3.12030.28751440.18422667X-RAY DIFFRACTION100
3.1203-3.36110.22951470.18112684X-RAY DIFFRACTION100
3.3611-3.69890.22721420.17362694X-RAY DIFFRACTION100
3.6989-4.23320.21031400.14212720X-RAY DIFFRACTION100
4.2332-5.32980.16741390.12582769X-RAY DIFFRACTION100
5.3298-33.19140.20231460.16552880X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3883-0.15110.10440.49040.26752.34520.0215-0.0059-0.0642-0.02420.0737-0.01250.336-0.18090.0050.3255-0.1345-0.03340.29790.03650.307122.810111.330815.0781
20.4138-0.2414-0.52710.54650.38030.9242-0.142-0.02880.07920.20770.189-0.05390.0673-0.032-0.00150.30370.03090.01220.2648-0.0130.306123.97639.995557.9147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 352 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 353 through 593 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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