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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqw
タイトルStructure of the major structural protein D135 of Acidianus tailed spindle virus (ATSV)
要素Putative major coat protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Archaeal virus / four helix bundle / large tailed spindle virus
機能・相同性: / RIP/P131 family / viral capsid / NITRATE ION / Putative major coat protein
機能・相同性情報
生物種Acidianus tailed spindle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.679 Å
データ登録者Hochstein, R.A. / Lintner, N.G. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States)DEB-4W4596 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1413534 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0920312 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2018
タイトル: Structural studies ofAcidianustailed spindle virus reveal a structural paradigm used in the assembly of spindle-shaped viruses.
著者: Hochstein, R. / Bollschweiler, D. / Dharmavaram, S. / Lintner, N.G. / Plitzko, J.M. / Bruinsma, R. / Engelhardt, H. / Young, M.J. / Klug, W.S. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2015年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative major coat protein
B: Putative major coat protein
C: Putative major coat protein
D: Putative major coat protein
E: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,68615
ポリマ-81,0665
非ポリマー62010
11,890660
1
A: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3373
ポリマ-16,2131
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3373
ポリマ-16,2131
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3373
ポリマ-16,2131
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3373
ポリマ-16,2131
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Putative major coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3373
ポリマ-16,2131
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.780, 41.672, 97.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.64, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-394-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative major coat protein


分子量: 16213.122 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidianus tailed spindle virus (ウイルス)
遺伝子: ATSV_D135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SJ78
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.6
詳細: Sodium nitrate, sodium acetate, glycerol, acetonitrile

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.679→50 Å / Num. obs: 84697 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Coot0.8.1モデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.679→38.005 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 4217 4.98 %
Rwork0.189 --
obs0.1904 84672 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.679→38.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4759 0 40 660 5459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0036757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7091929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6791-1.69820.27091130.24032075X-RAY DIFFRACTION79
1.6982-1.71820.24631250.23382478X-RAY DIFFRACTION91
1.7182-1.73910.26451250.23452644X-RAY DIFFRACTION95
1.7391-1.76110.24771330.22532556X-RAY DIFFRACTION97
1.7611-1.78430.23641230.22912710X-RAY DIFFRACTION99
1.7843-1.80880.25751430.2132729X-RAY DIFFRACTION100
1.8088-1.83460.24361420.21162634X-RAY DIFFRACTION100
1.8346-1.8620.21231320.21092693X-RAY DIFFRACTION100
1.862-1.89110.26761390.20132741X-RAY DIFFRACTION100
1.8911-1.92210.21751420.19672672X-RAY DIFFRACTION100
1.9221-1.95520.21881400.18722701X-RAY DIFFRACTION100
1.9552-1.99080.19211360.17342735X-RAY DIFFRACTION100
1.9908-2.02910.1921490.17872647X-RAY DIFFRACTION100
2.0291-2.07050.18741450.18012741X-RAY DIFFRACTION100
2.0705-2.11550.22681290.1872713X-RAY DIFFRACTION100
2.1155-2.16470.20411540.18672713X-RAY DIFFRACTION100
2.1647-2.21880.21221340.19052716X-RAY DIFFRACTION100
2.2188-2.27880.19651480.18142685X-RAY DIFFRACTION100
2.2788-2.34580.19811490.17752715X-RAY DIFFRACTION100
2.3458-2.42160.22871480.18732717X-RAY DIFFRACTION100
2.4216-2.50810.24161420.19222705X-RAY DIFFRACTION100
2.5081-2.60850.19651590.19032734X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.72720.2571250.19652749X-RAY DIFFRACTION100
2.7272-2.87090.20871370.18832704X-RAY DIFFRACTION100
2.8709-3.05070.21161380.1952747X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.28610.22771470.18612705X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.61660.22041740.17992721X-RAY DIFFRACTION100
3.6166-4.13940.20291440.16082762X-RAY DIFFRACTION100
4.1394-5.2130.20591500.17392764X-RAY DIFFRACTION99
5.213-38.01440.2031520.21262849X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1026-3.1887-0.13175.06051.19513.00170.05360.22060.20370.0048-0.1196-0.2092-0.02340.12270.03410.1209-0.0283-0.04210.15510.04370.097429.383266.400227.6967
23.43141.40921.64562.6530.02253.06360.21280.3765-0.4191-0.855-0.0307-0.18810.36170.1272-0.19020.32750.0115-0.09290.2322-0.0190.179424.51157.536619.4323
33.8287-2.9325-2.38863.77533.76464.02950.0966-0.0558-0.3495-0.1488-0.09750.58320.0352-0.31820.08060.1504-0.0184-0.07520.19790.03740.227417.699960.204128.7587
42.1309-0.31870.72664.4439-0.76494.2792-0.2203-0.02260.16150.13410.08760.1855-0.2724-0.20270.1450.17510.0359-0.0470.12330.00120.144520.015277.868728.9792
54.5404-4.1455-2.53084.99354.37475.2862-0.0814-0.1393-0.23360.30450.08910.16090.141-0.11590.05620.1732-0.0294-0.03020.16430.05830.128324.89158.338536.3544
66.74275.20641.58814.55850.67569.1392-0.18350.63450.0345-0.35660.2133-0.8248-0.00860.4593-0.01640.12110.0272-0.00360.19730.01430.221639.601755.926827.0757
73.0078-1.8358-1.10494.15371.09352.08050.09810.20330.1977-0.2619-0.0302-0.3622-0.0888-0.0005-0.06190.0794-0.00380.03560.1580.00470.113949.524649.622334.1415
85.45332.60381.74154.30580.77382.8981-0.10070.5044-0.4925-0.79530.20240.03410.3020.031-0.14680.1581-0.0209-0.01350.2335-0.00590.16540.757640.808730.3975
90.6136-1.4136-1.63394.4396.0877.9077-0.069-0.1266-0.19850.0174-0.24060.36590.0953-0.26510.36420.08830.00310.0250.2007-0.00110.186340.651843.381141.9035
105.1371-0.51971.59424.4734-0.66533.8602-0.0290.08950.3693-0.07810.0305-0.0343-0.00780.01060.00820.07220.01040.01030.0854-0.00640.071142.776461.157940.5033
113.23280.38710.16718.1345.07375.424-0.167-0.2231-0.23510.3231-0.0588-0.06880.269-0.12910.22790.08860.0230.00140.13180.04380.110351.003341.867343.8741
128.70025.39-2.01934.2138-3.42767.56150.02110.93110.4109-0.62170.3529-0.3559-0.145-0.0522-0.43860.23880.02350.1110.2553-0.01990.23957.728739.754527.3868
132.4571-0.1510.07825.64173.34673.3876-0.00390.17960.1355-0.3265-0.0319-0.1053-0.15620.050.05160.14250.0240.07880.17820.03390.173469.572633.02727.6329
144.97763.1676-0.08482.3308-0.61213.5081-0.13640.3193-0.5121-0.3274-0.15520.03180.5816-0.35880.30250.2248-0.01220.11340.2416-0.05030.31360.346524.108329.75
153.62953.85572.63247.29163.69113.0997-0.1289-0.4373-0.02661.0106-0.30540.53020.498-0.25330.41890.290.0360.10910.2234-0.00050.267.297726.839939.0931
165.9149-0.60180.95685.6951-0.52442.41560.07-0.18470.43170.17530.0835-0.3825-0.05220.0946-0.15480.14150.01060.03580.125-0.0410.191967.953644.490636.8544
176.56934.26793.68414.98785.46137.5143-0.2759-0.4093-0.05680.17530.063-0.32070.11570.02080.08780.22530.07660.05240.20980.01680.261176.693225.038334.3521
189.4344.9744-4.49795.1316-6.39629.13140.08520.72280.3062-0.44240.08840.1346-0.3537-0.5409-0.23180.2390.03110.1010.229-0.01210.201272.001322.668717.6833
192.00841.42691.28065.6983.45364.0544-0.00380.11870.0625-0.2188-0.06520.2332-0.1804-0.2560.05810.10440.04110.03530.14820.01470.102581.560116.430910.3095
202.80712.2758-1.35212.778-1.37734.7236-0.10310.1344-0.14280.1004-0.02510.72570.5662-0.46950.16450.2351-0.01910.10370.2473-0.00690.249975.49827.59817.5984
216.37275.14821.96384.1371.67751.56710.1749-0.4206-0.00530.6835-0.24730.16610.2576-0.05880.0420.26960.04310.03590.17650.00250.092886.539910.20921.0477
223.9668-0.9108-0.70384.6303-0.4352.55350.1037-0.08860.17810.07440.0653-0.0625-0.2170.0057-0.16010.1347-0.00340.0490.0964-0.0360.147785.839527.924118.726
235.75195.92761.80679.15092.55963.15840.1897-0.084-0.0990.2833-0.0285-0.24010.30020.0988-0.17910.14590.06120.03520.14230.0040.10291.25848.4111.5609
248.2684-3.18082.32683.49570.95053.1884-0.19450.20260.0794-0.66180.30360.5596-0.3343-0.6608-0.2090.220.0064-0.02910.22890.00140.147477.60275.96910.8962
251.76110.59541.01162.08040.50162.0035-0.11560.04810.1758-0.26570.00970.3529-0.0903-0.15790.02640.12930.0226-0.07580.17630.00320.138280.841-0.4021-10.8138
263.4787-0.11370.28142.8968-0.92164.33760.0948-0.3723-0.40120.3227-0.05480.41270.4196-0.378-0.05830.1946-0.0218-0.00110.20810.02110.128580.2241-9.1822-1.2342
276.93725.0997-1.35493.7035-1.28741.00940.3052-0.184-0.32170.253-0.208-0.02910.16340.1413-0.08460.1597-0.0011-0.07340.16970.00550.128991.2106-6.5947-5.2014
282.5958-0.6828-1.3574.71350.33495.0279-0.07720.03140.1135-0.2044-0.01080.1249-0.3724-0.02510.07980.0962-0.0225-0.03090.097-0.00660.092389.128911.2107-6.7336
292.36371.7592-2.41682.2996-2.88414.1088-0.0201-0.0916-0.1819-0.37410.0287-0.11650.0250.2018-0.03580.19870.0182-0.02690.1788-0.04520.174489.441-8.3402-15.6268
305.966-4.26773.54255.3702-4.56713.9546-0.2191-0.5693-0.0197-0.24540.42630.8022-0.2182-0.8871-0.03210.2612-0.0051-0.12920.28450.00030.274671.8151-10.1394-16.3916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 131 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 10 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 49 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 50 through 69 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 70 through 97 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 98 through 118 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 119 through 132 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 10 through 30 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 31 through 49 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 50 through 69 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 70 through 97 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 98 through 118 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 119 through 131 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 10 through 30 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 31 through 49 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 50 through 69 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 70 through 97 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 98 through 118 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 119 through 131 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 10 through 30 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 31 through 49 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 50 through 69 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 70 through 97 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 98 through 118 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 119 through 132 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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