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- PDB-5eqv: 1.45 Angstrom Crystal Structure of Bifunctional 2',3'-cyclic Nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqv
タイトル1.45 Angstrom Crystal Structure of Bifunctional 2',3'-cyclic Nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-Nucleotidase Periplasmic Precursor Protein from Yersinia pestis with Phosphate bound to the Active site
要素bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase periplasmic precursor protein
キーワードHYDROLASE / bifunctional 2' / 3'-cyclic nucleotide / 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase / periplasmic precursor protein / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / nucleotidase activity / nucleotide catabolic process / cell envelope / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase / CpdB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase / CpdB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D-MALATE / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / : / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.45 Angstrom Crystal Structure of Bifunctional 2',3'-cyclic Nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-Nucleotidase Periplasmic Precursor Protein from Yersinia pestis with Phosphate bound to the Active site.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase periplasmic precursor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7979
ポリマ－37,1381
非ポリマー6598
水11,331629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.282, 107.282, 63.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-760-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase periplasmic precursor protein


分子量: 37137.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: cpdB, AK38_3205 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B6NVJ4, UniProt: A0A0H2W1T3*PLUS, 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase

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非ポリマー , 7種, 637分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 8.6 mg/ml, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3), 5mM Thymidine; Screen: Classics II (F11), 0.2M Sodium chloride, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350;

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月19日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 65853 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
BLU-MAXデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB3JYF

解像度: 1.45→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.679 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15302 3280 5 %RANDOM
Rwork0.13195 ---
obs0.13301 62495 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 36 629 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.9633942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91336335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2055379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.57525.591127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.69115483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.022159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0213403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.321454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9391.3171452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4751.9771853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4771.9781854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5621.5571427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5561.5571427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4492.2422090
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.1113926
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.2293414
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.58534
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.50257
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 237 -
Rwork0.173 4519 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81150.1856-0.08450.6823-0.16550.9751-0.00970.08430.0703-0.07960.03460.0111-0.0148-0.0302-0.02490.0292-0.0040.00530.02110.00880.008-4.747825.29399.4529
20.64980.2891-0.08860.6214-0.08350.35160.0042-0.0278-0.02250.0211-0.0191-0.0753-0.00480.02430.01490.01790.00330.00140.0230.00620.0116.397228.810621.2848
30.9950.08130.02160.77290.28220.49950.0130.106-0.0061-0.10520.0080.02020.06790.0143-0.0210.0557-0.0060.00530.05480.0050.0357-5.766120.206310.5898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3A313 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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