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- PDB-5eq2: Crystal Structure of the SrpA Adhesin from Streptococcus sanguinis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eq2
タイトルCrystal Structure of the SrpA Adhesin from Streptococcus sanguinis
要素Platelet-binding glycoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bacterial adhesin / lectin / immunoglobulin fold / serine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


SrpA-like, SigLec-like domain / GspA/SrpA SigLec-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...SrpA-like, SigLec-like domain / GspA/SrpA SigLec-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Platelet-binding glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Loukachevitch, L.V. / McCulloch, K.M. / Vann, K.R. / Wawrzak, Z. / Anderson, S. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106987 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI41513 米国
American Heart Association14GRNT20390021 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008320 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32 HL007751 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR026915 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Michigan Economic Development Corporation085P1000817 米国
Department of Veteran's Affairs 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Sialoglycan Binding by the Streptococcus sanguinis SrpA Adhesin.
著者: Bensing, B.A. / Loukachevitch, L.V. / McCulloch, K.M. / Yu, H. / Vann, K.R. / Wawrzak, Z. / Anderson, S. / Chen, X. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-binding glycoprotein
B: Platelet-binding glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,84417
ポリマ－44,0912
非ポリマー75315
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.522, 46.769, 64.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-774-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Platelet-binding glycoprotein


分子量: 22045.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (strain SK36) (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: srpA, SSA_0829 / プラスミド: pGEX3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: A3CM52
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.9257.93
22.9257.93
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.5100 mM Na cacodylate, 0.2 M Ca(CH3CO2)2, 18% PEG 8000. Fully formed crystals were soaked in 2 mM K2OsO4, 5% DMSO overnight
2952蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.5100 mM Na cacodylate, 0.2 M Ca(CH3CO2)2, 18% PEG 8000. Fully formed crystals were soaked in 2 mM K2OsO4, 5% DMSO overnight

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.979
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.14
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2015年2月19日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2015年3月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.141
Reflection冗長度: 12.5 % / 数: 329804 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.89 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26384 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745010.0472.37714.4
3.764.7410.0582.53314.9
3.293.7610.0832.4115
2.993.2910.122.06615
2.772.9910.1811.65115.1
2.612.7710.2531.49515.1
2.482.6110.3361.37813.5
2.372.4810.3361.3867.5
2.282.3710.3881.3117.4
2.22.2810.4671.2737
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 49646 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 4.17 / Net I/av σ(I): 29.847 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 362946
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.77-1.85.624550.640.5340.70598
1.8-1.836.224490.7870.4770.69100
1.83-1.876.624280.8370.4130.73998.5
1.87-1.91724700.9060.3510.8061000.8760.945
1.91-1.957.324540.9340.2741.047990.6950.748
1.95-1.997.424720.9450.2310.9741000.5890.633
1.99-2.047.524400.9520.1931.16199.30.4960.533
2.04-2.17.624900.9690.1611.3611000.4160.447
2.1-2.167.624550.9690.131.34799.60.3350.36
2.16-2.237.624790.9760.1121.51799.70.2870.309
2.23-2.317.624770.9810.11.8911000.2570.275
2.31-2.47.624670.9840.0821.98399.90.2110.227
2.4-2.517.624760.9870.0712.1251000.1820.195
2.51-2.647.625190.9890.0622.5491000.1590.17
2.64-2.817.624760.990.0563.7581000.1450.156
2.81-3.037.625020.9880.055.711000.130.14
3.03-3.337.625170.990.0499.791000.1250.134
3.33-3.817.625120.9890.04613.7931000.1160.125
3.81-4.87.625160.9940.03613.42799.90.0910.098
4.8-507.225920.9940.0314.875990.0750.081

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→42.56 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 2334 4.96 %
Rwork0.1749 44701 -
obs0.1765 47035 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.6 Å2 / Biso mean: 29.0813 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 39 539 3625
Biso mean--31.77 38.99 -
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083157
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9064321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9411917
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.83680.32771380.249526312769100
1.8368-1.87670.28141320.22582598273099
1.8767-1.92040.23751380.200726312769100
1.9204-1.96840.22461380.19152636277499
1.9684-2.02160.22071370.19526272764100
2.0216-2.08110.21591370.18672617275499
2.0811-2.14830.21521380.177826622800100
2.1483-2.22510.21251540.176826262780100
2.2251-2.31410.22851360.178926432779100
2.3141-2.41950.21471540.184926332787100
2.4195-2.5470.23341330.182726352768100
2.547-2.70660.2261430.184926692812100
2.7066-2.91550.23491470.18492657280499
2.9155-3.20880.22561330.18012640277399
3.2088-3.67290.19311170.16732620273798
3.6729-4.62660.15081230.15012620274396
4.6266-42.57160.18111360.15442556269292
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.7759 Å / Origin y: -4.6818 Å / Origin z: 25.93 Å
111213212223313233
T0.1198 Å20.0199 Å20.0084 Å2-0.1893 Å2-0.0057 Å2--0.121 Å2
L0.6905 °2-0.1458 °20.7313 °2-0.0035 °2-0.141 °2--0.4178 °2
S-0.0623 Å °0.0278 Å °-0.0273 Å °-0.0041 Å °0.0154 Å °-0.01 Å °-0.0169 Å °-0.0035 Å °-0.0177 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA249 - 449
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 851
3X-RAY DIFFRACTION1allB252 - 444
4X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 882
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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