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- PDB-5epv: Histidine kinase domain from the LOV-HK blue-light receptor from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epv
タイトルHistidine kinase domain from the LOV-HK blue-light receptor from Brucella abortus
要素Blue-light-activated histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Histidine kinase / HWE family / S-SAD phasing / multi-crystal data collection
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Blue-light-activated histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Rinaldi, J. / Guimaraes, B.G. / Legrand, P. / Thompson, A. / Paris, G. / Goldbaum, F.A. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y TecnologicaPICT 2011-2672 アルゼンチン
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)PIP 2012-2014 GI 220110100970 アルゼンチン
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the HWE Histidine Kinase Family: The Brucella Blue Light-Activated Histidine Kinase Domain.
著者: Rinaldi, J. / Arrar, M. / Sycz, G. / Cerutti, M.L. / Berguer, P.M. / Paris, G. / Estrin, D.A. / Marti, M.A. / Klinke, S. / Goldbaum, F.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: S-SAD phasing of monoclinic histidine kinase from Brucella abortus combining data from multiple crystals and orientations: an example of data-collection strategy and a posteriori ...タイトル: S-SAD phasing of monoclinic histidine kinase from Brucella abortus combining data from multiple crystals and orientations: an example of data-collection strategy and a posteriori analysis of different data combinations.
著者: Klinke, S. / Foos, N. / Rinaldi, J.J. / Paris, G. / Goldbaum, F.A. / Legrand, P. / Guimaraes, B.G. / Thompson, A.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
C: Blue-light-activated histidine kinase
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,48910
ポリマ－104,4204
非ポリマー2,0696
水00
1
C: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6102
ポリマ－26,1051
非ポリマー5051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6102
ポリマ－26,1051
非ポリマー5051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2696
ポリマ－52,2102
非ポリマー1,0594
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.390, 100.840, 71.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Blue-light-activated histidine kinase / BA-LOV-histidine kinase / BA-LOV-HK


分子量: 26104.926 Da / 分子数: 4 / 断片: HK domain (UNP residues 266-489) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0652 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YKK7, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % / 解説: Long bars
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 7.5% w/v PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011,1.80000
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月17日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bimorph mirrors
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980111
21.81
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 32760 / Num. obs: 32760 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.51→2.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELX位相決定
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→48.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9433 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9189 / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.355 / SU Rfree Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.255
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 1644 5.02 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2039 32719 98.13 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.0427 Å20 Å24.3065 Å2
2---3.2541 Å20 Å2
3---16.2968 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5614 0 126 0 5740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015862HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.218001HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1946SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes917HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5862HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion796SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6582SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.59 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 162 5.48 %
Rwork0.2326 2794 -
all0.2342 2956 -
obs--98.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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