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- PDB-5epp: Structural Insights into the Interaction of p97 N-terminus Domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epp
タイトルStructural Insights into the Interaction of p97 N-terminus Domain and VBM Motif in Rhomboid Protease, RHBDL4
要素
  • Rhomboid-related protein 4
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
キーワードHYDROLASE / BETA-BARREL / ATPASE / RHBDL4 VBM motif / UBIQUITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein proteolysis involved in retrograde protein transport, ER to cytosol / positive regulation of secretion / rhomboid protease / spermatid differentiation / membrane protein proteolysis / endoplasmic reticulum quality control compartment / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of protein processing / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process ...membrane protein proteolysis involved in retrograde protein transport, ER to cytosol / positive regulation of secretion / rhomboid protease / spermatid differentiation / membrane protein proteolysis / endoplasmic reticulum quality control compartment / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of protein processing / : / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / BAT3 complex binding / Derlin-1 retrotranslocation complex / protein-DNA covalent cross-linking repair / cytoplasm protein quality control / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of oxidative phosphorylation / : / aggresome assembly / mitotic spindle disassembly / deubiquitinase activator activity / regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / vesicle-fusing ATPase / cellular response to misfolded protein / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein localization to chromatin / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of aerobic respiration / stress granule disassembly / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of synapse organization / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / MHC class I protein binding / ubiquitin-like protein ligase binding / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / cellular response to unfolded protein / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of hippo signaling / HSF1 activation / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / ATP metabolic process / proteasomal protein catabolic process / Protein methylation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Attachment and Entry / lipid droplet / post-translational protein modification / proteasome complex / viral genome replication / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / negative regulation of smoothened signaling pathway / macroautophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / establishment of protein localization / Defective CFTR causes cystic fibrosis / mitochondrial membrane / Translesion Synthesis by POLH / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ADP binding / ABC-family proteins mediated transport / autophagy / positive regulation of protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / Aggrephagy / cellular response to UV / azurophil granule lumen / KEAP1-NFE2L2 pathway / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / ciliary basal body / protein domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain ...Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transitional endoplasmic reticulum ATPase / Rhomboid-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lim, J.J. / Lee, Y. / Ly, T.T. / Kang, J.Y. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Youn, H.-S. / Park, K.R. / Kim, T.G. / Yang, J.K. ...Lim, J.J. / Lee, Y. / Ly, T.T. / Kang, J.Y. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Youn, H.-S. / Park, K.R. / Kim, T.G. / Yang, J.K. / Jun, Y. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the interaction of p97 N-terminus domain and VBM in rhomboid protease, RHBDL4.
著者: Lim, J.J. / Lee, Y. / Ly, T.T. / Kang, J.Y. / Lee, J.G. / An, J.Y. / Youn, H.S. / Park, K.R. / Kim, T.G. / Yang, J.K. / Jun, Y. / Eom, S.H.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
B: Rhomboid-related protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8092
ポリマ－22,8092
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.999, 96.999, 50.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 20859.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 21-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質・ペプチド Rhomboid-related protein 4 / RRP4 / Rhomboid domain-containing protein 1 / Rhomboid-like protein 4


分子量: 1949.179 Da / 分子数: 1 / 断片: VBM motif (RESIDUES 300-314) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TEB9, rhomboid protease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.5, 0.2 M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 22279 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Cootモデル構築
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ7

3qq7


解像度: 1.88→42.002 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 1143 5.13 %
Rwork0.1768 --
obs0.1784 22279 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→42.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 0 127 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9892043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.598952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8797-1.96520.31841300.23532620X-RAY DIFFRACTION99
1.9652-2.06880.24681410.19132634X-RAY DIFFRACTION99
2.0688-2.19850.19531390.18222625X-RAY DIFFRACTION99
2.1985-2.36820.20971560.18032601X-RAY DIFFRACTION99
2.3682-2.60650.22561470.18362638X-RAY DIFFRACTION100
2.6065-2.98350.24181620.19192631X-RAY DIFFRACTION100
2.9835-3.75860.22381310.17632670X-RAY DIFFRACTION100
3.7586-42.01230.14891370.14822717X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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