PDB-5eph: Crystal structure of extended-spectrum beta-lactamase BEL-1 in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eph

タイトル

Crystal structure of extended-spectrum beta-lactamase BEL-1 in complex with Imipenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex / extended-spectrum beta-lactamase / Pseudomonas aeruginosa

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Benvenuti, M. / De Luca, F. / Docquier, J.D. / Mangani, S.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Pseudomonas aeruginosa BEL-1 Extended-Spectrum beta-Lactamase and Its Complexes with Moxalactam and Imipenem.
著者: Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Poirel, L. / Nordmann, P. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. / Docquier, J.D.

履歴

登録	2015年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2016年9月21日	ID: 4MXB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_related_exp_data_set Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eph.cif.gz	223.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eph.ent.gz	177.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5eph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5eph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eoeSC 5eooC 5euaC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5eoe-1 6b5x-2 3vff-4 5eua-1 1jwp-d 1w7f-2 1a28-2 3vfh-1 3mkf-d 4ebp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.980, 95.860, 103.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / extended-spectrum beta-lactamase BEL-1 分子量: 28921.693 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla(BEL1), blaBEL-1 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SAW3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ID1 / Imipenem 分子量: 301.362 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₄S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 % / 解説: plate-shaped crystals
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG4600, 20% MPD, 0.1M sodium citrate, pH 5.6 / PH範囲: 5.6 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月13日
放射	モノクロメーター: Si(311) and Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→51.68 Å / Num. obs: 91836 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.443 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
MOLREP		モデル構築
SCALA		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EOE

5eoe

解像度: 1.79→51.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.481 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20239	4579	5 %	RANDOM
R_work	0.1635	-	-	-
obs	0.16545	87230	92.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.741 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.178 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→51.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7862	0	93	685	8640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	8131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	7827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.767	1.981	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.961	3.003	17975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.11	5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.848	24.006	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.442	15	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.37	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	9242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.653	1.906	4151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.652	1.906	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.319	2.846	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.319	2.846	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.212	2.169	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.212	2.169	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.323	3.156	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.932	16.18	9734
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.932	16.184	9735
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.836 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	329	4.9 %
R_work	0.231	6692	-
obs	-	-	96.63 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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