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- PDB-5epf: Crystal structure of Peroxidoxin BcpB from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epf
タイトルCrystal structure of Peroxidoxin BcpB from Mycobacterium tuberculosis
要素Peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mycobacterium tuberculosis / Peroxidoxin / BcpB / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative peroxiredoxin Rv1608c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Peroxidoxin BcpB from Mycobacterium tuberculosis
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2054
ポリマ－17,9511
非ポリマー2543
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.620, 72.140, 40.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin


分子量: 17950.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_08785 / プラスミド: MytuD.00904.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6X1R8, UniProt: P9WID9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mycrolytic MCSG1 e6: 20% PEG 3350, 200mM Potassium sulphate ; MytuD.00904.a.B1.PW37743 at 18.3 mg/ml, cryo: 20% EG, 1 step; tray: 266501e6; puck: qmk2-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 36250 / Num. obs: 35895 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 10.55 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 25.71 / Num. measured all: 391380
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.35-1.39110.9350.5394.8428332263725770.56597.7
1.39-1.420.9490.4535.7127796258325300.47597.9
1.42-1.460.970.3427.426943249824520.35998.2
1.46-1.510.9790.289.0626216242023830.29398.5
1.51-1.560.9860.22810.8925879238023480.23998.7
1.56-1.610.9910.18213.4924726227522490.19198.9
1.61-1.670.9930.15315.7524093221321880.1698.9
1.67-1.740.9960.12319.2323267213621100.12998.8
1.74-1.820.9960.10422.5922348204220310.10999.5
1.82-1.910.9980.0827.7921550197319610.08499.4
1.91-2.010.9980.06533.7820403187118600.06899.4
2.01-2.130.9990.05538.9919266176517620.05899.8
2.13-2.280.9990.04943.7518178166816640.05199.8
2.28-2.460.9990.04446.6117107157315720.04699.9
2.46-2.70.9990.04149.7215710145214520.043100
2.7-3.020.9990.03854.2214228131313130.039100
3.02-3.490.9990.03458.1912491117411740.036100
3.49-4.270.9990.03261.04104919989970.03499.9
4.27-6.040.9990.03260.5281468028020.034100
6.040.9990.03455.5342104774700.03698.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3drn

3drn


解像度: 1.35→50 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1741 1904 5.31 %Random selection
Rwork0.1406 33982 --
obs0.1424 35886 99.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.37 Å2 / Biso mean: 15.6777 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1182 0 14 260 1456
Biso mean--27.95 29.78 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9451744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.988491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38380.17851360.14892356X-RAY DIFFRACTION98
1.3838-1.42120.15251310.13092351X-RAY DIFFRACTION98
1.4212-1.4630.15921260.11152386X-RAY DIFFRACTION98
1.463-1.51020.14871060.11262383X-RAY DIFFRACTION98
1.5102-1.56420.16641380.11542397X-RAY DIFFRACTION99
1.5642-1.62680.14991450.11342380X-RAY DIFFRACTION99
1.6268-1.70090.1551310.11712392X-RAY DIFFRACTION99
1.7009-1.79060.15961370.12342426X-RAY DIFFRACTION99
1.7906-1.90270.18171460.13942422X-RAY DIFFRACTION99
1.9027-2.04960.18681530.14082405X-RAY DIFFRACTION99
2.0496-2.25580.1571270.14092476X-RAY DIFFRACTION100
2.2558-2.58210.16221430.15032475X-RAY DIFFRACTION100
2.5821-3.25270.19621470.15352499X-RAY DIFFRACTION100
3.2527-500.18681380.15312634X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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