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- PDB-5epe: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase from Thiobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epe
タイトルCrystal structure of SAM-dependent methyltransferase from Thiobacillus denitrificans in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
要素SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SAM-dependent methyltransferase / PSI-Biology / S-Adenosyl-L-homocysteine / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Predicted S-adenosyl-L-methionine dependent methyltransferase, YjhP-type / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者LaRowe, C. / Shabalin, I.G. / Kutner, J. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Seidel, R. / Bonanno, J. / Almo, S.C. ...LaRowe, C. / Shabalin, I.G. / Kutner, J. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Seidel, R. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase from Thiobacillus denitrificans in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
著者: LaRowe, C. / Shabalin, I.G. / Kutner, J. / Handing, K.B. / Minor, W.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Other
改定 1.22016年2月24日Group: Other
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.72024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8553
ポリマ－27,4471
非ポリマー4072
水4,972276
1
A: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,25636
ポリマ－329,36712
非ポリマー4,88924
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation16_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation23_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation32_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation34_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation38_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation43_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area34550 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area104610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.536, 157.536, 157.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-583-

HOH

21A-601-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SAM-dependent methyltransferase


分子量: 27447.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア)
株: ATCC 25259 / 遺伝子: Tbd_1076 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q3SJX0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG II condition #56 (0.1M CHES pH=9.5, 20%w/v ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG II condition #56 (0.1M CHES pH=9.5, 20%w/v PEG 4K) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 1 mg/ml TEV solution at 289 K for 3 hours

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 25623 / Num. obs: 25623 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.1 / Χ2: 0.943 / Net I/av σ(I): 26.273 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 292403
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9310.70.914212540.810.2920.960.673100
1.93-1.9711.30.75412790.8660.2340.790.697100
1.97-2.0111.50.59512780.9180.1830.6230.716100
2.01-2.0511.40.55212410.9220.1710.5780.789100
2.05-2.0911.50.48112990.9380.1480.5030.772100
2.09-2.1411.50.37812640.9670.1160.3950.787100
2.14-2.1911.50.34512770.9690.1060.3610.799100
2.19-2.2511.50.28112700.9810.0870.2940.782100
2.25-2.3211.50.24512580.9830.0750.2560.82100
2.32-2.3911.40.23612920.9860.0730.2470.908100
2.39-2.4811.60.20212940.9880.0620.2110.868100
2.48-2.5811.60.17312490.990.0530.1810.907100
2.58-2.711.60.14212570.9940.0440.1490.925100
2.7-2.8411.50.12113070.9950.0370.1260.945100
2.84-3.0211.60.112870.9970.0310.1040.99100
3.02-3.2511.50.08212860.9980.0250.0861.11100
3.25-3.5811.50.06712900.9980.020.071.166100
3.58-4.0911.40.0512880.9990.0150.0521.206100
4.09-5.1611.40.04413050.9990.0140.0471.259100
5.16-5010.80.04813480.9990.0150.0511.70699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
直接法位相決定
MLPHARE位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / FOM work R set: 0.977 / SU B: 4.577 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1671 1266 4.9 %RANDOM
Rwork0.1356 ---
obs0.1371 24340 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.65 Å2 / Biso mean: 32.68 Å2 / Biso min: 14.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1893 0 27 276 2196
Biso mean--28.31 43.94 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191973
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.9782683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98734274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3495249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.67922.97684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36715294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5221517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1061.669999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0951.667998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7672.491247
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 97 -
Rwork0.216 1794 -
all-1891 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7882-0.42592.12271.6041-0.1692.72460.0393-0.04460.21470.12210.011-0.2317-0.21210.1953-0.05020.0781-0.05140.03410.0642-0.00090.142763.67371.86731.223
214.07981.6266-7.007612.1664-8.976729.61950.37080.21080.6895-0.30770.41450.4603-0.7795-0.2298-0.78520.1731-0.03580.02190.09980.14270.240955.4686.73219.266
32.2749-0.01360.36281.85980.07791.8491-0.07830.06750.5837-0.01260.041-0.2517-0.32840.22150.03720.1253-0.08640.01040.07630.02480.257864.31483.23329.024
42.04990.0867-0.03632.6601-0.45961.1248-0.0101-0.08160.3840.0521-0.00160.0589-0.23370.03130.01180.0939-0.00790.02170.0361-0.00880.128549.8478.27933.368
59.7064-3.0214.38541.95642.173714.4785-0.4898-0.9908-0.04730.37990.48440.01480.58730.40740.00540.14770.12570.05660.47890.07760.112150.91757.36644.619
61.9339-0.5990.07010.81990.03820.4364-0.0334-0.2290.1020.16040.0374-0.1236-0.10690.0758-0.0040.081-0.0264-0.00080.0814-0.00210.082258.97163.89836.568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3A41 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5A145 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6A160 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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