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- PDB-5eov: C-terminal domain of the 16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eov
タイトルC-terminal domain of the 16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA.
要素16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / ribosome / antibiotic sensitivity
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / methyltransferase activity / rRNA processing / toxin activity / methylation / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / RNA binding / extracellular region ...23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / methyltransferase activity / rRNA processing / toxin activity / methylation / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / RNA binding / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / : / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily ...Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / : / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Witek, M.A. / Conn, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI088025 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Novel Motif for S-Adenosyl-l-methionine Binding by the Ribosomal RNA Methyltransferase TlyA from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Witek, M.A. / Kuiper, E.G. / Minten, E. / Crispell, E.K. / Conn, G.L.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32017年2月15日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0891
ポリマ－23,0891
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.783, 67.783, 80.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 16S/23S rRNA (cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / ...16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase / 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / Hemolysin TlyA


分子量: 23089.346 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 64-268 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: tlyA, MT1733 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJ62, 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase, 16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.3 M Hepes pH 7.5, 2.8 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 21238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 65.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model based on 3HP7

3hp7


解像度: 1.701→47.93 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1964 9.44 %
Rwork0.1883 --
obs0.1911 20804 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1507 0 0 80 1587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0912089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.371550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7005-1.7430.27051270.23211236X-RAY DIFFRACTION92
1.743-1.79020.26491370.22731242X-RAY DIFFRACTION94
1.7902-1.84280.24371360.20151303X-RAY DIFFRACTION97
1.8428-1.90230.23661310.20191296X-RAY DIFFRACTION97
1.9023-1.97030.21241380.19461325X-RAY DIFFRACTION98
1.9703-2.04920.23171420.19381341X-RAY DIFFRACTION99
2.0492-2.14250.23571390.19451344X-RAY DIFFRACTION99
2.1425-2.25540.19251420.18221343X-RAY DIFFRACTION99
2.2554-2.39670.23651380.19981362X-RAY DIFFRACTION100
2.3967-2.58180.23161420.20221358X-RAY DIFFRACTION100
2.5818-2.84160.23291440.21531385X-RAY DIFFRACTION100
2.8416-3.25270.23961430.20451388X-RAY DIFFRACTION100
3.2527-4.09770.19911470.16841407X-RAY DIFFRACTION100
4.0977-47.94880.20291580.17531510X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4418-0.17410.16190.4032-0.18780.2741-0.0603-0.0072-0.0905-0.09390.00830.1557-0.0195-0.31700.28620.0324-0.01820.26950.00130.2928-19.7865-12.5347-15.7723
20.37870.0321-0.03410.6047-0.15240.14020.15170.4323-0.4381-0.7826-0.04830.54590.2120.20650.01540.46290.1535-0.1160.4172-0.11610.3737-20.4163-16.5431-29.6961
30.3144-0.13140.04810.1640.21270.25750.05850.2733-0.0275-0.0396-0.0617-0.015-0.0316-0.0995-00.3432-0.00020.0330.25990.01220.2472-8.1688-13.4209-24.5427
41.09170.16550.40050.9274-0.19771.55270.04030.05720.03120.021-0.0474-0.16480.08810.047400.21960.00420.00690.2039-0.0120.2269-4.5475-21.4097-12.5193
50.32460.25620.16770.40070.22390.8262-0.0596-0.31760.25210.82050.10560.1504-0.5296-0.30260.02280.33750.0113-0.09170.2743-0.04090.2945-2.3565-14.4659-3.1992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 64:107)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 108:139)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 140:172)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 173:245)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 246:268)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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