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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eos
タイトルCrystallizing Strained DNA: Self-Assembly of 3D Crystals Containing a Torsionally-Stressed Component
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードDNA / DNA nanotechnology / torsionally strained DNA / DNA lattices
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Hernandez, C. / Birktoft, J.J. / Seeman, N.C.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Self-Assembly of 3D DNA Crystals Containing a Torsionally Stressed Component.
著者: Hernandez, C. / Birktoft, J.J. / Ohayon, Y.P. / Chandrasekaran, A.R. / Abdallah, H. / Sha, R. / Stojanoff, V. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _software.classification
改定 1.22020年6月24日Group: Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7974
ポリマ－12,7974
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')

A: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')

A: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39212
ポリマ－38,39212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.011, 110.011, 83.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The asymmetric unit is comprised of the first 11 nucleotides of the full #1 strand (chain A), by the last 10 residues of the full #1 strand (chain C), by the first 8 nucleotides of the #2 strand (chain D) and by #3 strand (chain B). Chains A (First 11 residues of strand #1) and C (next 10 residues of strand #1) together form the first DNA strand (#1) of the experiment. This DNA strand spans two asymmetric units-hence it was divided into the current chains A and C for convenient representation and crystallographic computing. Chain A (1_555) is covalently linked to chain C of another asymmetric unit (3_555); and chain C (1_555) is covalently linked to chain A of another asymmetric unit (2_555). The #2 strand form a circular DNA molecule as a consequence of internal 3-fold symmetry of the triangle chain D in the asymmetric unit represents one of these repeating units. It has 3 symmetric and sequential repeating units that are covalently linked to each other via the O3' end of residue 13D to the O5' end of residue 6D; chain D (1_555) is covalently linked to chain D of two neighboring asymmetric units (2_555) and (3_555). The selection of residues from the DNA #2 and #3 are dictated by their proximity (base pairing) to chains A and C. Chain B in the asymmetric unit represents the third of these repeating units.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3414.234 Da / 分子数: 1
断片: The first 11 residues the DNA molecule used in the experiment
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量: 2371.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3973.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3038.020 Da / 分子数: 1
断片: The second 10 residues the DNA molecule used in the experiment
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: rhombohedral
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Grown by vapor diffusion while treated with a controlled temperature gradient from 333 degs to 277 degs. Ammonium Sulfate, magnesium chloride, Na Cacodylate, magnesium acetate, TRIS
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1, 1.7
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.71
反射解像度: 4.7→27.5 Å / Num. obs: 4338 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 4.75→4.85 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.7→27.5 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 46.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 433 9.98 %
Rwork0.19 --
obs0.1924 4338 95.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 371.51 Å2 / Biso mean: 317.8413 Å2 / Biso min: 272.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.7→27.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 858 0 0 858
残基数----42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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