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- PDB-5eof: Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eof
タイトルCrystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex
要素
  • Optineurin
  • Serine/threonine-protein kinase TBK1
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / OPTN / TBK1 / ALS / autophagy / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / type 2 mitophagy / cell death / negative regulation of receptor recycling / Golgi ribbon formation / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / type 2 mitophagy / cell death / negative regulation of receptor recycling / Golgi ribbon formation / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation / regulation of type I interferon production / T follicular helper cell differentiation / Golgi to plasma membrane protein transport / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / Interleukin-37 signaling / cGAS/STING signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TBC/RABGAPs / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Golgi organization / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / cellular response to unfolded protein / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / antiviral innate immune response / positive regulation of TORC1 signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphoprotein binding / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / trans-Golgi network / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / recycling endosome membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / peptidyl-serine phosphorylation / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / defense response to Gram-positive bacterium / protein phosphorylation / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. ...TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Optineurin / Serine/threonine-protein kinase TBK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Li, F. / Xie, X. / Liu, J. / Pan, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470749 中国
National Basic Research Program of China2013CB836900 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the interaction and disease mechanism of neurodegenerative disease-associated optineurin and TBK1 proteins.
著者: Li, F. / Xie, X. / Wang, Y. / Liu, J. / Cheng, X. / Guo, Y. / Gong, Y. / Hu, S. / Pan, L.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Optineurin
B: Optineurin
C: Serine/threonine-protein kinase TBK1
D: Serine/threonine-protein kinase TBK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7964
ポリマ－31,7964
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.321, 54.775, 153.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Optineurin / E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein ...E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein 7 / HIP-7 / Huntingtin-interacting protein L / NEMO-related protein / Optic neuropathy-inducing protein / Transcription factor IIIA-interacting protein / TFIIIA-IntP


分子量: 9650.888 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPTN, FIP2, GLC1E, HIP7, HYPL, NRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96CV9
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase TBK1 / NF-kappa-B-activating kinase / T2K / TANK-binding kinase 1


分子量: 6247.161 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 677-729 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBK1, NAK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UHD2, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 19991 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 14.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.05→37.344 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 1020 5.11 %
Rwork0.2075 --
obs0.2094 19973 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 0 98 1985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.657788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.049-2.1570.28511420.25282656X-RAY DIFFRACTION100
2.157-2.29210.34231390.2332666X-RAY DIFFRACTION100
2.2921-2.46910.29041560.22982640X-RAY DIFFRACTION100
2.4691-2.71750.28251430.22422676X-RAY DIFFRACTION100
2.7175-3.11060.30651310.23462713X-RAY DIFFRACTION100
3.1106-3.91830.25261430.19782747X-RAY DIFFRACTION100
3.9183-37.35030.19291660.18792855X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1777-3.4854-0.08718.41710.66420.10520.19920.0891-0.0528-0.4646-0.00690.90720.02360.0419-0.18431.0148-0.1242-0.0245-0.02090.16050.428-3.840620.7277-59.8366
20.4398-0.3077-0.97030.74931.80476.7113-0.1756-0.1027-0.04520.06670.08110.06350.71840.22690.06780.2214-0.01010.0370.2034-0.0220.27852.33536.9235-11.7019
33.8877-4.54910.13815.395-0.54353.6030.35120.52910.6336-0.1584-0.3855-1.0252-0.64410.90780.090.5658-0.07420.10430.4345-0.04540.49875.3913-4.4745-60.5362
40.1077-0.3344-0.63650.34340.31032.4731-0.0338-0.01780.0147-0.12420.04070.024-0.1613-0.02250.03050.2778-0.02480.02350.3046-0.05110.2577-5.80148.793-13.6432
50.5239-0.27840.93591.674-1.29652.02950.0369-0.0999-0.1091-0.28190.12550.271-0.7232-0.4031-0.14410.37870.0264-0.02370.21530.04330.3162-2.423713.725-35.6328
60.7861-0.4543-0.81351.77240.28587.1942-0.11980.08780.0036-0.20680.1737-0.05761.1755-0.0676-0.05280.3459-0.08480.02550.2134-0.11320.35971.89851.835-35.8511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 102 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 36 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 37 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 678 through 720 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 679 through 719 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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