PDB-5eo7: Crystal structure of AOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eo7

タイトル

Crystal structure of AOL

要素

Predicted protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / seleno-fucoses / phaing / lectin / Aspergillus oryzae

機能・相同性

機能・相同性情報

fucose binding / intracellular organelle / early endosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kato, R. / Kiso, M. / Ishida, H. / Ando, H. / Suzuki, T. / Shimabukuro, S. / Makyio, H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Six independent fucose-binding sites in the crystal structure of Aspergillus oryzae lectin
著者: Makyio, H. / Shimabukuro, J. / Suzuki, T. / Imamura, A. / Ishida, H. / Kiso, M. / Ando, H. / Kato, R.

履歴

登録	2015年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eo7.cif.gz	523.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eo7.ent.gz	445.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eo7_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eo7_full_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示
XML形式データ	5eo7_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	5eo7_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eo8-1 6z6c-d 4c1y-1 4agi-1 3c8n-2 3qvf-1 3b4y-d 6nds-1 2gn1-d 6trv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted protein

B: Predicted protein

C: Predicted protein

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted protein

ヘテロ分子

A: Predicted protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Predicted protein

C: Predicted protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.161, 196.852, 110.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Predicted protein / lectin 分子量: 34444.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB 40 / 遺伝子: AO090001000189 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q2UNX8
#2: 糖	ChemComp-SFU / methyl 1-seleno-alpha-L-fucopyranoside / METHYL 6-DEOXY-1-SELENO-ALPHA-L-GALACTOPYRANOSIDE / methyl 1-seleno-alpha-L-fucoside / methyl 1-seleno-L-fucoside / methyl 1-seleno-fucoside / 1-(メチルセレノ)-1,6-ジデオキシ-α-L-ガラクトピラノ-スタイプ: L-saccharide / 分子量: 241.144 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₄Se
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% (v/v) PEG-400, 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-Na

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→38.68 Å / Num. obs: 60854 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 455430

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.5	0.73	3.3	33643	4461	0.946	0.285	100
10.29-38.68	6.4	0.046	38.9	4807	756	0.998	0.019	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-97.403	-138.153	-4.026	SE	48.05	1.17
2	-98.352	-103.852	32.297	SE	44.29	0.93
3	-95.799	-141.674	-7.089	SE	44.83	0.9
4	-99.092	-97.318	14.935	SE	49.42	0.68
5	-79.879	-129.024	-8.178	SE	50.12	0.85
6	-86.658	-155.766	3.25	SE	53.73	0.77
7	-95.739	-91.414	47.631	SE	47.81	0.72
8	-48.415	-29.74	-106.618	SE	53.49	0.54
9	-38.386	-21.372	-11.153	SE	48.17	0.55
10	-44.958	-11.042	-98.815	SE	52.04	0.46
11	-27.637	-3.304	-101.269	SE	63.59	0.46
12	-2.248	-34.506	-65.707	SE	62.26	0.47
13	-51.072	-45.563	-12.1	SE	62.54	0.51
14	-37.536	-33.43	-25.918	SE	46.53	0.28
15	-12.745	-20.288	-57.227	SE	92.91	0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.68 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	3077	5.07 %
R_work	0.2193	57667	-
obs	0.2205	60744	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.21 Å² / B_iso mean: 45.1206 Å² / B_iso min: 16.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7308	0	410	338	8056
B_iso mean	-	-	44.9	37.3	-
残基数	-	-	-	-	930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	10518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.707	2634

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3-2.336	0.3457	121	0.3276	2586	2707
2.336-2.3742	0.3097	123	0.3012	2599	2722
2.3742-2.4152	0.3346	154	0.3038	2586	2740
2.4152-2.4591	0.3185	128	0.2929	2623	2751
2.4591-2.5064	0.3645	146	0.2853	2564	2710
2.5064-2.5575	0.2943	144	0.2785	2578	2722
2.5575-2.6131	0.2995	146	0.2725	2588	2734
2.6131-2.6739	0.2772	134	0.2609	2606	2740
2.6739-2.7408	0.2979	138	0.2515	2611	2749
2.7408-2.8148	0.3005	133	0.2505	2604	2737
2.8148-2.8976	0.266	133	0.2587	2589	2722
2.8976-2.9911	0.2892	150	0.2631	2633	2783
2.9911-3.098	0.2266	132	0.2447	2600	2732
3.098-3.222	0.2692	125	0.2355	2635	2760
3.222-3.3685	0.2594	134	0.2214	2613	2747
3.3685-3.546	0.2293	154	0.2106	2610	2764
3.546-3.768	0.2153	155	0.1967	2616	2771
3.768-4.0587	0.2031	143	0.1728	2641	2784
4.0587-4.4666	0.1784	163	0.1568	2629	2792
4.4666-5.1116	0.1844	149	0.1521	2650	2799
5.1116-6.4353	0.1932	124	0.1791	2722	2846
6.4353-38.6897	0.2147	148	0.2148	2784	2932

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 101.73 Å / Origin y: 48.272 Å / Origin z: 84.42 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4445 Å²	-0.0825 Å²	0.0022 Å²	-	0.3231 Å²	-0.0001 Å²	-	-	0.3108 Å²
L	-0.0226 °²	0.0196 °²	0.0332 °²	-	-0.0299 °²	-0.0245 °²	-	-	0.1295 °²
S	-0.044 Å °	-0.0026 Å °	0.0052 Å °	0.0127 Å °	0.0221 Å °	-0.019 Å °	-0.0484 Å °	-0.0698 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 15
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 5
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 338

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