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Yorodumi- PDB-5eo6: Coproporphyrinogen III oxidase (HemF) from Acinetobacter baumannii -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eo6 | ||||||
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Title | Coproporphyrinogen III oxidase (HemF) from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | Coproporphyrinogen oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / Coproporphyrinogen oxidase / oxidase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / heme biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of oproporphyrinogen III oxidase (aerobic) from Acinetobacter baumannii Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5eo6.cif.gz | 278.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5eo6.ent.gz | 221.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5eo6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1vjuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37428.809 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: AcbaC.17085.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: hemF, ABUW_0377, ACX61_01995, AKG96_15100 / Plasmid: AcbaC.17085.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0D5YE19, coproporphyrinogen oxidase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 25.75 mg/mL AcbaC.17085.a.B1.PS02404 with Rigaku Reagents JCSG+ a4: 30% MPD, 20 mM calcium chloride, 100 mM sodium acetate / acetic acid, pH 4.6, cryoprotection: direct, tray 263906a4, puck fyy9-6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. all: 154253 / Num. obs: 153349 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 13.57 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.31 / Num. measured all: 575739 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1VJU chain A Resolution: 1.45→50 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 14.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.01 Å2 / Biso mean: 22.4336 Å2 / Biso min: 7.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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