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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eo6 | ||||||
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タイトル | Coproporphyrinogen III oxidase (HemF) from Acinetobacter baumannii | ||||||
![]() | Coproporphyrinogen oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / Coproporphyrinogen oxidase / oxidase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of oproporphyrinogen III oxidase (aerobic) from Acinetobacter baumannii 著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vjuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37428.809 Da / 分子数: 2 / 断片: AcbaC.17085.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hemF, ABUW_0377, ACX61_01995, AKG96_15100 / プラスミド: AcbaC.17085.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25.75 mg/mL AcbaC.17085.a.B1.PS02404 with Rigaku Reagents JCSG+ a4: 30% MPD, 20 mM calcium chloride, 100 mM sodium acetate / acetic acid, pH 4.6, cryoprotection: direct, tray 263906a4, puck fyy9-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 154253 / Num. obs: 153349 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 13.57 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.31 / Num. measured all: 575739 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1VJU chain A 解像度: 1.45→50 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.01 Å2 / Biso mean: 22.4336 Å2 / Biso min: 7.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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