PDB-5eny: Ketosynthase from module 6 connected to acyl carrier protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eny

タイトル

Ketosynthase from module 6 connected to acyl carrier protein from module 5 (unobservable) of the bacillaene synthase from Bacillus subtilis 168

要素

Polyketide synthase PksL

キーワード

HYDROLASE / trans-AT ketosynthase / polyketide / bacillaene

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 4 Å

データ登録者

Wagner, D.T. / Gay, D.C. / Keatinge-Clay, A.T.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The LINKS motif zippers trans-acyltransferase polyketide synthase assembly lines into a biosynthetic megacomplex.
著者: Gay, D.C. / Wagner, D.T. / Meinke, J.L. / Zogzas, C.E. / Gay, G.R. / Keatinge-Clay, A.T.

履歴

登録	2015年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eny.cif.gz	851.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eny.ent.gz	698.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eny_validation.pdf.gz	521.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eny_full_validation.pdf.gz	587.2 KB	表示
XML形式データ	5eny_validation.xml.gz	161.9 KB	表示
CIF形式データ	5eny_validation.cif.gz	203.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5eny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5eny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e5nC 5e6kC 5elpC 5erbC 5erfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g2q-d 9997 4k17-d 6v48-d 7kmv-d 4jax-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase PksL

B: Polyketide synthase PksL

C: Polyketide synthase PksL

D: Polyketide synthase PksL

E: Polyketide synthase PksL

F: Polyketide synthase PksL

G: Polyketide synthase PksL

H: Polyketide synthase PksL

687 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Polyketide synthase PksL

B: Polyketide synthase PksL

ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Polyketide synthase PksL

D: Polyketide synthase PksL

ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Polyketide synthase PksL

F: Polyketide synthase PksL

ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

G: Polyketide synthase PksL

H: Polyketide synthase PksL

ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.106, 112.732, 211.441
Angle α, β, γ (deg.)	104.96, 90.07, 106.32
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 591 / Label seq-ID: 176 - 764

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Polyketide synthase PksL / PKS 分子量: 85819.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: pksL, outG, pksA, pksX, BSU17190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05470
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25 mg/ml PksACP5+KS6, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM HEPES, pH 7.5) with 1 uL crystallization buffer (30% PEG 4000 (v/v), 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4→39.77 Å / Num. obs: 23712 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 6.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 4→39.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.822 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.797 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.354	2126	5.1 %	RANDOM
R_work	0.33349	-	-	-
obs	0.33451	-	92.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 154.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.03 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.18 Å²	-0.05 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4→39.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34416	0	0	0	34416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	35180
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	33136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.852	1.961	47576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.58	3	76484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.975	5	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.727	24.491	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.181	15	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.267	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	39700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.163	15.382	17492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.163	15.382	17491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.03	23.045	21788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.03	23.046	21789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.476	15.856	17688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.476	15.856	17689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.011	23.617	25789
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.93		38919
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	17.929		38920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	62986	0.15
1	2	B	62986	0.15
2	1	A	70278	0.12
2	2	C	70278	0.12
3	1	A	63036	0.16
3	2	D	63036	0.16
4	1	A	70022	0.13
4	2	E	70022	0.13
5	1	A	63078	0.16
5	2	F	63078	0.16
6	1	A	70000	0.12
6	2	G	70000	0.12
7	1	A	64286	0.12
7	2	H	64286	0.12
8	1	B	63092	0.15
8	2	C	63092	0.15
9	1	B	65998	0.11
9	2	D	65998	0.11
10	1	B	63410	0.15
10	2	E	63410	0.15
11	1	B	65558	0.12
11	2	F	65558	0.12
12	1	B	64070	0.12
12	2	G	64070	0.12
13	1	B	65436	0.13
13	2	H	65436	0.13
14	1	C	63354	0.15
14	2	D	63354	0.15
15	1	C	70316	0.12
15	2	E	70316	0.12
16	1	C	64062	0.13
16	2	F	64062	0.13
17	1	C	70126	0.12
17	2	G	70126	0.12
18	1	C	63256	0.15
18	2	H	63256	0.15
19	1	D	64242	0.12
19	2	E	64242	0.12
20	1	D	66052	0.12
20	2	F	66052	0.12
21	1	D	63466	0.15
21	2	G	63466	0.15
22	1	D	65646	0.13
22	2	H	65646	0.13
23	1	E	63304	0.15
23	2	F	63304	0.15
24	1	E	70890	0.1
24	2	G	70890	0.1
25	1	E	63306	0.16
25	2	H	63306	0.16
26	1	F	63034	0.15
26	2	G	63034	0.15
27	1	F	65602	0.12
27	2	H	65602	0.12
28	1	G	63276	0.16
28	2	H	63276	0.16

LS精密化シェル

解像度: 4.004→4.107 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.424	129	-
R_work	0.383	2247	-
obs	-	-	71.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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