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- PDB-5eny: Ketosynthase from module 6 connected to acyl carrier protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eny
タイトルKetosynthase from module 6 connected to acyl carrier protein from module 5 (unobservable) of the bacillaene synthase from Bacillus subtilis 168
要素Polyketide synthase PksL
キーワードHYDROLASE / trans-AT ketosynthase / polyketide / bacillaene
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prismane-like superfamily / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain ...Prismane-like superfamily / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase PksL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å
データ登録者Wagner, D.T. / Gay, D.C. / Keatinge-Clay, A.T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The LINKS motif zippers trans-acyltransferase polyketide synthase assembly lines into a biosynthetic megacomplex.
著者: Gay, D.C. / Wagner, D.T. / Meinke, J.L. / Zogzas, C.E. / Gay, G.R. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase PksL
B: Polyketide synthase PksL
C: Polyketide synthase PksL
D: Polyketide synthase PksL
E: Polyketide synthase PksL
F: Polyketide synthase PksL
G: Polyketide synthase PksL
H: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)686,5608
ポリマ－686,5608
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17380 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area165580 Å2
2
A: Polyketide synthase PksL
B: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6402
ポリマ－171,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42210 Å2
手法PISA
3
C: Polyketide synthase PksL
D: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6402
ポリマ－171,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42050 Å2
手法PISA
4
E: Polyketide synthase PksL
F: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6402
ポリマ－171,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42100 Å2
手法PISA
5
G: Polyketide synthase PksL
H: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6402
ポリマ－171,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.106, 112.732, 211.441
Angle α, β, γ (deg.)104.96, 90.07, 106.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 591
2010B3 - 591
1020A3 - 591
2020C3 - 591
1030A3 - 591
2030D3 - 591
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2070H3 - 591
1080B3 - 591
2080C3 - 591
1090B3 - 591
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20130H3 - 591
10140C3 - 591
20140D3 - 591
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20180H3 - 591
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20250H3 - 591
10260F3 - 591
20260G3 - 591
10270F3 - 591
20270H3 - 591
10280G3 - 591
20280H3 - 591

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
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28

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要素

#1: タンパク質
Polyketide synthase PksL / PKS


分子量: 85819.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: pksL, outG, pksA, pksX, BSU17190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05470

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 mg/ml PksACP5+KS6, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM HEPES, pH 7.5) with 1 uL crystallization buffer (30% PEG 4000 (v/v), 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→39.77 Å / Num. obs: 23712 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 6.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 4→39.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.822 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.797 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.354 2126 5.1 %RANDOM
Rwork0.33349 ---
obs0.33451 -92.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 154.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.03 Å20.02 Å2
2---0.18 Å2-0.05 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34416 0 0 0 34416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01935180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0233136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8521.96147576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.58376484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97554340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72724.4911612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.181156020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.26715172
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.25148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02139700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.027864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.16315.38217492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.16315.38217491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.0323.04521788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.0323.04621789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.47615.85617688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.47615.85617689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.01123.61725789
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.9338919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.92938920
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A629860.15
12B629860.15
21A702780.12
22C702780.12
31A630360.16
32D630360.16
41A700220.13
42E700220.13
51A630780.16
52F630780.16
61A700000.12
62G700000.12
71A642860.12
72H642860.12
81B630920.15
82C630920.15
91B659980.11
92D659980.11
101B634100.15
102E634100.15
111B655580.12
112F655580.12
121B640700.12
122G640700.12
131B654360.13
132H654360.13
141C633540.15
142D633540.15
151C703160.12
152E703160.12
161C640620.13
162F640620.13
171C701260.12
172G701260.12
181C632560.15
182H632560.15
191D642420.12
192E642420.12
201D660520.12
202F660520.12
211D634660.15
212G634660.15
221D656460.13
222H656460.13
231E633040.15
232F633040.15
241E708900.1
242G708900.1
251E633060.16
252H633060.16
261F630340.15
262G630340.15
271F656020.12
272H656020.12
281G632760.16
282H632760.16
LS精密化 シェル解像度: 4.004→4.107 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 129 -
Rwork0.383 2247 -
obs--71.54 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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