+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5en8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal region of Smu1 | ||||||
Components | SMU-1 | ||||||
Keywords | SPLICING / LisH motif / CTLH / dimer | ||||||
Function / homology | Function and homology information nematode larval development / muscle organ morphogenesis / mechanosensory behavior / locomotion / U2-type precatalytic spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / neuron development / RNA splicing ...nematode larval development / muscle organ morphogenesis / mechanosensory behavior / locomotion / U2-type precatalytic spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / neuron development / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caenorhabditis elegans (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.23 Å | ||||||
Authors | Ulrich, A.K.C. / Wahl, M.C. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of the N-terminal region of Smu1 Authors: Ulrich, A.K.C. / Schulz, J.F. / Kamprad, A. / Schutze, T. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5en8.cif.gz | 155.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5en8.ent.gz | 124.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5en8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5en8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5en8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5en6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 20708.719 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: NTR, uNP residues 2-181 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caenorhabditis elegans (invertebrata) / Gene: smu-1, CC4.3, CELE_CC4.3 / Plasmid: pETM11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: G5EEG7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M MES, pH 6.5, 12 % [w/v] PEG 20,000 / PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→40.0486 Å / Num. obs: 21482 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 3.2 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.36 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 89.1 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5en6 Resolution: 2.23→40.0486 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 35.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.45 Å2 / Biso mean: 75.0799 Å2 / Biso min: 35.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.23→40.0486 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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