PDB-5emv: Crystal structure of the palmitoylated human TEAD2 transcription ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5emv

タイトル

Crystal structure of the palmitoylated human TEAD2 transcription factor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / palmitoylated protein

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Noland, C.L. / Gierke, S. / Schnier, P.D. / Murray, J. / Sandoval, W.N. / Sagolla, M. / Dey, A. / Hannoush, R.N. / Fairbrother, W.J. / Cunningham, C.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Palmitoylation of TEAD Transcription Factors Is Required for Their Stability and Function in Hippo Pathway Signaling.
著者: Noland, C.L. / Gierke, S. / Schnier, P.D. / Murray, J. / Sandoval, W.N. / Sagolla, M. / Dey, A. / Hannoush, R.N. / Fairbrother, W.J. / Cunningham, C.N.

履歴

登録	2015年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5emv.cif.gz	186.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5emv.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5emv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5emv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5emv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5emwC 3l15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p2i-1 3uyw-4 6s66-1 4tjw-2 5zjk-3 4z9d-4 3p2e-2 3p2i-2 4pnl-1 6cdy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.830, 61.250, 112.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 26941.543 Da / 分子数: 2 / 断片: YAP binding domain, unp residues 219-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2

分子量: 26941.543 Da / 分子数: 2 / 断片: YAP binding domain, unp residues 219-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15562

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 1.7-2.1 M Sodium Formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→58.32 Å / Num. obs: 36163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 137128 / Scaling rejects: 35

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2-2.05	3.8	0.674	2	10185	2696	0.812	0.405	100
8.94-58.32	3.4	0.024	26.2	1474	432	0.996	0.016	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	0.5.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L15

3l15

解像度: 2→53.543 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	1761	4.88 %
R_work	0.202	34326	-
obs	0.2034	36087	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.39 Å² / B_iso mean: 47.2304 Å² / B_iso min: 16.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→53.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3261	0	0	167	3428
B_iso mean	-	-	-	48.44	-
残基数	-	-	-	-	398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.668	4530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.857	1231

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0541		0.3183	137	0.3064	2645	100
2.0541-2.1146		0.3521	122	0.2861	2620	100
2.1146-2.1828		0.2924	128	0.2675	2633	100
2.1828-2.2608		0.3725	145	0.3286	2587	99
2.2608-2.3513			137		2618	99
2.3513-2.4584		0.2427	138	0.23	2634	100
2.4584-2.588		0.2434	127	0.2177	2621	100
2.588-2.7501		0.2772	143	0.2294	2647	100
2.7501-2.9624		0.2604	138	0.2135	2632	100
2.9624-3.2605		0.2414	119	0.2045	2675	100
3.2605-3.7322		0.1962	150	0.176	2621	100
3.7322-4.7018		0.1662	147	0.1479	2661	100
	4.7018	0.2293	130	0.1813	2732	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6061	0.3086	8.021	2.6487	1.8578	9.1356	-0.3142	-1.0062	1.085	-0.093	-0.2072	0.3702	-0.2203	-0.8162	0.6657	0.2904	-0.011	0.0242	0.4955	0.0144	0.4028	-3.0459	-12.6079	-22.3055
2	4.4767	0.4107	2.1626	4.5884	1.1146	6.4244	-0.1853	0.6334	0.0749	-0.734	0.0656	0.1604	0.0127	0.266	0.1599	0.2976	-0.0207	0.0207	0.3317	0.0723	0.3968	4.9343	-16.3113	-32.6135
3	4.2631	-0.9285	0.1352	1.2941	-0.6286	1.3187	-0.1553	-0.3124	-0.0615	0.039	0.0715	0.1053	-0.0808	-0.1865	0.0804	0.2808	0.0006	-0.0233	0.2653	0.047	0.3913	1.5421	-16.3295	-23.916
4	4.5371	-3.1312	-5.343	2.973	2.987	7.2481	-0.2866	0.4165	0.1472	0.3455	0.3035	0.1272	0.1656	-0.5598	0.0234	0.4654	-0.0081	0.0658	0.298	0.0951	0.6051	2.2859	-26.9578	-23.8431
5	8.2494	0.0894	4.6462	0.8573	-0.2999	2.6234	-0.3012	-1.935	-0.1214	-0.0513	0.2803	0.1857	-0.2728	-0.4281	0.0852	0.3279	-0.0127	0.05	0.6055	0.0565	0.3938	-6.382	-17.6627	-16.8675
6	5.7708	5.3764	0.3316	5.1336	0.8592	6.4088	0.5528	-1.1689	-0.883	0.3572	-0.4733	-1.0332	0.2411	0.1857	0.0128	0.2965	0.003	0.0122	0.3912	0.0517	0.4529	19.697	-18.0718	-16.6432
7	2.7804	1.0504	1.7966	1.625	0.6423	1.7088	-0.3271	-0.1007	0.1198	-0.3022	0.2041	-0.017	0.0433	0.0339	0.0415	0.3119	0.0198	0.0206	0.2528	0.0308	0.3433	13.2668	-16.1521	-26.9267
8	7.8328	1.5629	1.808	3.2953	1.2345	3.9262	-0.2763	-0.016	0.2828	-0.1556	0.1134	0.0901	-0.2515	-0.2642	0.2065	0.3165	0.0378	-0.0311	0.2002	0.0812	0.3344	3.584	-12.4092	-28.9933
9	3.544	0.634	-1.4835	1.2262	1.5038	9.4305	0.1033	-0.3613	-0.0864	0.2475	-0.0612	-0.088	0.8656	-0.5326	0.1086	0.3278	-0.0083	0.0082	0.3267	-0.0002	0.2391	0.9393	-48.0742	-13.1839
10	5.255	-0.3425	-0.1769	4.3378	0.0405	5.3439	-0.1011	1.2283	-0.9094	-0.4427	0.0428	0.1646	0.1153	-1.0144	0.2348	0.3201	-0.0461	0.0197	0.6128	-0.1189	0.3873	0.0175	-50.9715	-33.903
11	4.8001	-0.952	-0.7684	2.8574	1.836	9.4609	0.1267	-0.8179	0.4642	0.2895	0.1987	-0.7131	-0.3196	1.7536	-0.3792	0.3887	-0.0427	-0.0311	0.7192	-0.0729	0.4878	15.7556	-41.9471	-7.7862
12	4.5371	-0.6593	-0.3489	2.7692	1.56	4.3779	0.1423	0.1039	-0.4638	-0.024	-0.0323	-0.2844	0.1582	-0.0572	-0.2365	0.2358	-0.0153	-0.0056	0.1987	0.0261	0.3691	10.4818	-49.2948	-19.5412
13	7.6601	-1.9141	-4.164	3.296	0.4625	3.0716	-0.1904	-0.2671	0.3229	0.415	0.2406	0.1426	0.4098	-0.3151	0.0822	0.2682	-0.0339	0.0252	0.3796	-0.0374	0.422	-3.8421	-41.9988	-17.7355
14	7.6903	-1.8246	-3.8698	1.0075	1.6134	2.8332	0.1093	0.2273	1.3257	-0.1262	0.1914	-0.5102	-0.3047	-0.11	-0.3763	0.3626	-0.0007	0.0867	0.2938	0.112	0.522	7.4996	-34.521	-19.5604
15	5.8773	-2.0592	-1.5013	2.4562	2.3294	5.1679	0.162	0.0988	0.0738	0.2182	-0.0834	-0.0189	0.0214	-1.1359	0.1026	0.2476	-0.0003	-0.045	0.4095	0.0108	0.3069	-5.408	-41.2718	-20.3159
16	3.5235	-5.2554	-2.049	8.8085	0.9989	5.794	0.6732	1.2167	-0.0693	-0.2951	-0.6627	-0.569	0.2222	-0.4904	0.0506	0.283	0.0178	0.0373	0.4745	0.0467	0.4913	16.701	-44.8436	-34.7566
17	5.8712	-1.8385	-4.9112	1.0572	2.3123	5.9342	-0.1098	0.0823	0.0912	0.1124	0.0215	-0.114	0.0809	0.062	0.0387	0.2629	-0.0095	0.009	0.2559	0.0649	0.4976	16.5561	-44.3077	-22.0655
18	5.4458	-0.9149	-1.2842	3.4676	1.7718	5.1641	-0.0291	-0.4027	-0.0662	-0.0181	0.0365	-0.1207	0.1636	0.0241	0.0043	0.2335	-0.0163	-0.0272	0.1716	0.0605	0.2556	9.1448	-46.5407	-14.1682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 238 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 239 through 293 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 294 through 351 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 352 through 362 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 363 through 381 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 382 through 395 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 396 through 414 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 415 through 446 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 218 through 238 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 239 through 255 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 293 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 294 through 325 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 326 through 339 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 340 through 362 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 363 through 381 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 382 through 395 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 396 through 414 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 415 through 446 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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