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万見
- PDB-5emc: Transcription factor GRDBD and smGRE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emc
タイトルTranscription factor GRDBD and smGRE complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')
  • Glucocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / complex / DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / steroid binding / TBP-class protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Su, X.D. / Lian, T. / Jin, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The effects of cytosine methylation on general transcription factors
著者: Jin, J. / Lian, T. / SU, X.D.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0528
ポリマ－31,7904
非ポリマー2624
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.942, 99.643, 112.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')


分子量: 5503.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 10371.312 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 411-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpHIS4 (その他)
参照: UniProt: P04150
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*(5CM)P*AP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*(5CM)P*TP*G)-3')


分子量: 5543.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50mM HEPES, 100mM KCl, 10mM MgCl2, 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.256 Å / Num. obs: 19780 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33.17 Å2 / Rmerge F obs: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 5.45 / Num. measured all: 57041
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.50.7210.5192.0513083434243010.6399.1
2.5-2.80.8760.333.0713066443843630.40198.3
2.8-30.9410.2264.225969207420160.27497.2
3-40.9910.1037.3614456521949940.12395.7
4-50.9870.08210.125076190618040.09894.6
5-60.990.0769.9522548517970.09293.7
6-100.9930.07410.5824779648810.08991.4
10-500.9930.06211.446602892420.07683.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSdata processing
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.3→37.256 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 1005 5.08 %Random
Rwork0.2248 18775 --
obs0.2266 19398 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.42 Å2 / Biso mean: 41.5606 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→37.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 731 4 184 1973
Biso mean--28.19 44.75 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8922692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.482718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42130.3231550.27882662X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.5730.29291320.26322660X-RAY DIFFRACTION99
2.573-2.77160.32271560.24292674X-RAY DIFFRACTION99
2.7716-3.05040.26211450.24262651X-RAY DIFFRACTION99
3.0504-3.49150.29391410.22382648X-RAY DIFFRACTION97
3.4915-4.39780.20731400.19662672X-RAY DIFFRACTION97
4.3978-37.26110.24831360.21462808X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.1622 Å / Origin y: -11.7974 Å / Origin z: -6.8315 Å
111213212223313233
T0.3075 Å2-0.0136 Å2-0.0109 Å2-0.2618 Å20.0346 Å2--0.2856 Å2
L0.8173 °2-0.1957 °2-0.2918 °2-0.9677 °2-0.2531 °2--1.4678 °2
S0.0005 Å °0.058 Å °0.1798 Å °-0.1856 Å °0.0914 Å °-0.0094 Å °-0.4316 Å °0.0873 Å °-0.0617 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1allA438 - 527
3X-RAY DIFFRACTION1allB437 - 527
4X-RAY DIFFRACTION1allD27 - 44
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 190
6X-RAY DIFFRACTION1allS191 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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