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- PDB-1r4i: Crystal Structure of Androgen Receptor DNA-Binding Domain Bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4i
タイトルCrystal Structure of Androgen Receptor DNA-Binding Domain Bound to a Direct Repeat Response Element
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*G)-3'
  • Androgen receptor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AR / Steroid Receptor / Protein-DNA Complex / Androgen / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin biosynthetic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / positive regulation of penile erection / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / positive regulation of locomotion / regulation of prostatic bud formation / ribonucleotide binding ...negative regulation of integrin biosynthetic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / positive regulation of penile erection / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / positive regulation of locomotion / regulation of prostatic bud formation / ribonucleotide binding / male courtship behavior / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / Ub-specific processing proteases / male genitalia morphogenesis / POU domain binding / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / reproductive structure development / SUMOylation of intracellular receptors / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / animal organ formation / androgen binding / drinking behavior / response to environmental enrichment / cellular response to testosterone stimulus / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / regulation of systemic arterial blood pressure / reproductive behavior / Leydig cell differentiation / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / seminiferous tubule development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell morphogenesis / membraneless organelle assembly / reproductive system development / locomotion / fertilization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to steroid hormone / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / nuclear androgen receptor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / response to testosterone / response to muscle activity / positive regulation of phosphorylation / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / single fertilization / regulation of protein localization to plasma membrane / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / liver regeneration / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to nicotine / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / response to insulin / beta-catenin binding / positive regulation of miRNA transcription / transcription coactivator binding / nuclear matrix / multicellular organism growth / male gonad development / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / response to estradiol / MAPK cascade / regulation of gene expression / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / spermatogenesis / molecular adaptor activity / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / axon
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Jivan, A. / Dollins, D.E. / Claessens, F. / Gewirth, D.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis of androgen receptor binding to selective androgen response elements.
著者: Shaffer, P.L. / Jivan, A. / Dollins, D.E. / Claessens, F. / Gewirth, D.T.
履歴
登録2003年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*G)-3'
A: Androgen receptor
B: Androgen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5908
ポリマ－34,3284
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.89, 137.89, 85.71
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 5511.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Androgen Direct Repeat Response Element
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量: 5519.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Androgen Direct Repeat Response Element
#3: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 11648.361 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-Binding Domain / Mutation: C552A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: AR / プラスミド: pGEX-NB-AR1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15207
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 400, magnesium chloride, Tris, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2magnesium chloride11
3Tris11
4DTT11
5H2O11
6PEG 40012
7magnesium chloride12
8DTT12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0000, 1.2831
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.28311
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 17313 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1683 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ER Complex from PDB entry 1HCQ

1hcq


解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 258680.39 / Data cutoff high rms absF: 258680.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 725 4.9 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs-14839 85.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.5832 Å2 / ksol: 0.228276 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 117.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-41.29 Å229.66 Å20 Å2
2--41.29 Å20 Å2
3----82.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.64 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.2 Å1.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1077 732 4 0 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.12.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.094 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6 41 3.9 %
Rwork0.564 998 -
obs--60.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_ZN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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