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- PDB-5elm: Crystal structure of L-aspartate/glutamate specific racemase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elm
タイトルCrystal structure of L-aspartate/glutamate specific racemase in complex with L-glutamate
要素Asp/Glu_racemase family protein
キーワードISOMERASE / Asp/Glu racemase / L-form specific racemase / amino acid enantiomers
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate racemase activity / aspartate racemase / amino-acid racemase activity / amino-acid racemase / glutamate racemase / glutamate racemase activity / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / NITRATE ION / L-aspartate/glutamate-specific racemase / Racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ahn, J.W. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for an atypical active site of an l-aspartate/glutamate-specific racemase from Escherichia coli
著者: Ahn, J.W. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu_racemase family protein
B: Asp/Glu_racemase family protein
C: Asp/Glu_racemase family protein
D: Asp/Glu_racemase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,24410
ポリマ－105,5564
非ポリマー6886
水10,611589
1
A: Asp/Glu_racemase family protein
B: Asp/Glu_racemase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0174
ポリマ－52,7782
非ポリマー2392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
2
C: Asp/Glu_racemase family protein
D: Asp/Glu_racemase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2266
ポリマ－52,7782
非ポリマー4484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.530, 81.250, 83.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Asp/Glu_racemase family protein / Aspartate racemase / Putative racemase / Putative resistance proteins / Racemase / Strain O157 ...Aspartate racemase / Putative racemase / Putative resistance proteins / Racemase / Strain O157 SvETEC scaffold16.1 / whole genome shotgun sequence


分子量: 26389.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3SWD2, UniProt: A0A140N890*PLUS, aspartate racemase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M ammonium nitrate, 14~16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 56118 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ELL

5ell


解像度: 2→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 4.228 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 2833 5.1 %RANDOM
Rwork0.17328 ---
obs0.17644 53262 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7274 0 46 589 7909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.95410181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.903316571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8775952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45823.408355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.286151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2341565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8041.9233805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7981.9233804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7532.874758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7542.874759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3262.2533726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3262.2533726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7093.2745424
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.64616.6739139
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.64616.6739139
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 185 -
Rwork0.175 3780 -
obs--94.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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